48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6124 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  100 
 
 		 178 aa  370  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  100 
 
 		 178 aa  370  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  53.98 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5918  hypothetical protein  48.31 
 
 		 178 aa  177  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262351  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  49.11 
 
 		 175 aa  173  9e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  50.3 
 
 		 180 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2178  hypothetical protein  46.37 
 
 		 179 aa  168  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.594535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.92 
 
 		 166 aa  90.5  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  29.61 
 
 		 167 aa  88.2  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  29.61 
 
 		 167 aa  88.2  6e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  34.16 
 
 		 175 aa  87.8  8e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.72 
 
 		 166 aa  85.9  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  32.54 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  26.44 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1068  putative sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.86 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.25 
 
 		 168 aa  73.6  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  35.4 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  30.19 
 
 		 373 aa  69.7  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.62 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.92 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  32.52 
 
 		 382 aa  67.8  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  40.38 
 
 		 373 aa  67  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.77 
 
 		 370 aa  65.5  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  30.65 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  29.84 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.33 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  34.33 
 
 		 398 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 393 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.33 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  34.33 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.78 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  34.33 
 
 		 395 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  31.07 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  38.1 
 
 		 371 aa  57.8  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  44.29 
 
 		 380 aa  55.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  33.68 
 
 		 384 aa  55.1  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 372 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 393 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 393 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 372 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 393 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.34 
 
 		 372 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  32.61 
 
 		 394 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  40.28 
 
 		 393 aa  51.6  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  32.12 
 
 		 387 aa  51.2  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  31.88 
 
 		 399 aa  51.2  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  31.39 
 
 		 387 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.412851 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>