108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1809 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  100 
 
 
399 aa  813    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  78.43 
 
 
393 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  79.19 
 
 
393 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  78.28 
 
 
398 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  77.97 
 
 
394 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  78.92 
 
 
387 aa  618  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  79.19 
 
 
395 aa  614  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  78.15 
 
 
387 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  78.79 
 
 
398 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  78.79 
 
 
398 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  78.28 
 
 
398 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  76.14 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  76.14 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  76.14 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  76.14 
 
 
393 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  75.6 
 
 
372 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  75.6 
 
 
372 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  75.6 
 
 
372 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  56.28 
 
 
384 aa  412  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  46.79 
 
 
392 aa  336  5e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  45.93 
 
 
380 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  35.75 
 
 
378 aa  238  2e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  36.89 
 
 
370 aa  237  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  33.76 
 
 
373 aa  196  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  34.47 
 
 
408 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  35 
 
 
721 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  33.33 
 
 
412 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  32.99 
 
 
384 aa  167  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  31.03 
 
 
384 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.56 
 
 
373 aa  125  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  26.63 
 
 
373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  27.34 
 
 
372 aa  116  6e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.87 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.57 
 
 
370 aa  110  5e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  26.73 
 
 
382 aa  103  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  29.8 
 
 
199 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  30.35 
 
 
213 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.25 
 
 
187 aa  98.2  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.65 
 
 
185 aa  97.1  5e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.65 
 
 
185 aa  96.7  6e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  32.64 
 
 
202 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.73 
 
 
188 aa  96.3  9e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.38 
 
 
185 aa  95.9  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.67 
 
 
187 aa  94  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  39.09 
 
 
189 aa  92  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.05 
 
 
198 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.7 
 
 
184 aa  78.2  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  32.92 
 
 
168 aa  77  0.0000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  40 
 
 
189 aa  76.6  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.83 
 
 
223 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.14 
 
 
198 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  33.11 
 
 
213 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.6 
 
 
166 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.88 
 
 
196 aa  71.2  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  29.85 
 
 
167 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  29.85 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  33.33 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36 
 
 
189 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.21 
 
 
189 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.69 
 
 
166 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  26.88 
 
 
175 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  31.33 
 
 
202 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  28.3 
 
 
192 aa  62.4  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.28 
 
 
168 aa  58.2  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  31.45 
 
 
177 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  34.96 
 
 
181 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0089  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  30.64 
 
 
278 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  31.88 
 
 
178 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  31.88 
 
 
178 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1068  putative sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  27.92 
 
 
182 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2814  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.68 
 
 
565 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4490  acetolactate synthase, large subunit  30.77 
 
 
621 aa  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  36.36 
 
 
175 aa  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  35.29 
 
 
182 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5007  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  34.92 
 
 
621 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544612  normal  0.0507111 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5918  hypothetical protein  34.19 
 
 
178 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262351  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0604  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  27.72 
 
 
277 aa  46.6  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000157419 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1222  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  29.14 
 
 
276 aa  46.6  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.549687  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  34.04 
 
 
180 aa  46.2  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1401  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  35.42 
 
 
277 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.062853  normal  0.774956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2038  acetolactate synthase, large subunit  36.26 
 
 
625 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0289  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  35.79 
 
 
572 aa  45.8  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.403033  normal  0.363537 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1895  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  34.65 
 
 
298 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.8 
 
 
584 aa  46.2  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1389  indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit  27.75 
 
 
598 aa  46.2  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000343744  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1703  acetolactate synthase  26.02 
 
 
560 aa  45.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.694647  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1167  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  33.64 
 
 
280 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0348  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  33.65 
 
 
548 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0639  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  40.68 
 
 
593 aa  45.1  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0915985  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2028  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.96 
 
 
591 aa  45.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103551  normal  0.0583023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2119  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.33 
 
 
621 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  29.81 
 
 
166 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  29.81 
 
 
166 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3432  acetolactate synthase  26.88 
 
 
561 aa  44.7  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206401 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  27.43 
 
 
166 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1235  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  40.68 
 
 
270 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1837  acetolactate synthase  33.04 
 
 
553 aa  43.9  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1909  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  42.11 
 
 
561 aa  43.9  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000425472  hitchhiker  0.0000717525 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.82 
 
 
628 aa  43.9  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.662359  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1601  thiamine pyrophosphate protein central region  33.85 
 
 
649 aa  43.9  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.392192  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>