217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6790 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  100 
 
 
198 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  71.72 
 
 
198 aa  292  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  71.28 
 
 
198 aa  287  7e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  58.42 
 
 
193 aa  203  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  53.59 
 
 
189 aa  185  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  53.04 
 
 
189 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  46.49 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  35.16 
 
 
202 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  33.16 
 
 
382 aa  97.4  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  35.26 
 
 
213 aa  96.3  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.15 
 
 
185 aa  95.1  5e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.77 
 
 
187 aa  94  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.07 
 
 
185 aa  94  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.98 
 
 
185 aa  91.7  7e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  32.31 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.32 
 
 
188 aa  88.2  7e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  35.29 
 
 
189 aa  88.2  8e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.22 
 
 
373 aa  87.8  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.95 
 
 
187 aa  86.3  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.07 
 
 
372 aa  85.1  7e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  33.33 
 
 
384 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  32.84 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.29 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  32 
 
 
387 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  38.53 
 
 
184 aa  80.9  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.72 
 
 
393 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.78 
 
 
370 aa  77.8  0.00000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  34.88 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  30.73 
 
 
392 aa  76.3  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.59 
 
 
370 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.5 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  33.33 
 
 
398 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  31.77 
 
 
395 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.14 
 
 
399 aa  74.7  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  33.16 
 
 
398 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  32.83 
 
 
398 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.64 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.16 
 
 
398 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  31.61 
 
 
393 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  32.47 
 
 
394 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  26.62 
 
 
378 aa  69.3  0.00000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
372 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  32.85 
 
 
373 aa  69.3  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
372 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
372 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  30 
 
 
380 aa  68.9  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
393 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
393 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  35.11 
 
 
393 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  29.79 
 
 
721 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  29.79 
 
 
408 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  29.79 
 
 
412 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2187  thiamine pyrophosphate protein central region  32.8 
 
 
572 aa  53.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  35.71 
 
 
384 aa  51.2  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1899  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  30.47 
 
 
570 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  27.46 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  35.87 
 
 
384 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  27.46 
 
 
223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0660  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  31.82 
 
 
348 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0283  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  34 
 
 
361 aa  48.9  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3075  thiamine pyrophosphate protein central region  36.9 
 
 
623 aa  48.5  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.433048  normal  0.875201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7672  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  34 
 
 
339 aa  48.1  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  28.45 
 
 
202 aa  48.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4034  thiamine pyrophosphate protein central region  34.44 
 
 
541 aa  48.1  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.350713  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0313  thiamine pyrophosphate protein domain-containing protein  32.99 
 
 
353 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3566  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  31.82 
 
 
368 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2951  thiamine pyrophosphate protein central region  33.1 
 
 
536 aa  47.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00103515  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3639  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  31.82 
 
 
368 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260577  normal  0.765691 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3571  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  31.82 
 
 
368 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6866  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  28.88 
 
 
345 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.674512  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0203  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.08 
 
 
277 aa  47  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.258003  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4539  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  33 
 
 
363 aa  46.6  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1235  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  35.64 
 
 
270 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5088  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  33 
 
 
363 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.993677  normal  0.910187 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0071  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  31.78 
 
 
354 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0036  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.76 
 
 
543 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3964  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.73 
 
 
360 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1420  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  34.62 
 
 
276 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464193  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1800  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35 
 
 
626 aa  46.2  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03320  2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase, beta subunit  32 
 
 
354 aa  46.2  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4392  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  33 
 
 
357 aa  45.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3838  thiamine pyrophosphate protein central region  41.27 
 
 
607 aa  45.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4010  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  34.62 
 
 
276 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1876  acetolactate synthase  31.37 
 
 
587 aa  45.4  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.646821  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1588  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.65 
 
 
274 aa  45.4  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1029  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  35.71 
 
 
271 aa  45.4  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000241815  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6665  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.96 
 
 
347 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.166242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2248  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.81 
 
 
571 aa  45.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3951  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.63 
 
 
574 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0912  iolD protein  39.73 
 
 
661 aa  45.1  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1830  iolD protein  39.73 
 
 
661 aa  45.1  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.301996  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0554  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32 
 
 
353 aa  45.4  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.095491 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2314  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  24.81 
 
 
612 aa  45.4  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.284269  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1443  iolD protein  39.73 
 
 
646 aa  45.1  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6078  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32 
 
 
353 aa  45.1  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.162959 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0437  iolD protein  39.73 
 
 
646 aa  45.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1654  iolD protein  39.73 
 
 
646 aa  45.1  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72162  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1676  iolD protein  39.73 
 
 
646 aa  45.1  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479049  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0725  iolD protein  39.73 
 
 
646 aa  45.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.165076  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0698  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33 
 
 
344 aa  45.1  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.798275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>