More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1531 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  59.02 
 
 
572 aa  680    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  59.19 
 
 
572 aa  680    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  78.99 
 
 
576 aa  925    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  59.19 
 
 
572 aa  680    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  59.19 
 
 
572 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  58.77 
 
 
572 aa  692    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3312  pyruvate dehydrogenase  57.89 
 
 
573 aa  680    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653262  normal  0.0298964 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1650  pyruvate dehydrogenase  61.75 
 
 
572 aa  684    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  58.42 
 
 
601 aa  684    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0611  pyruvate dehydrogenase  61.75 
 
 
576 aa  685    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.69435  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  59.19 
 
 
572 aa  682    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0699  pyruvate dehydrogenase  61.93 
 
 
572 aa  688    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.98 
 
 
578 aa  698    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  59.19 
 
 
572 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  60.31 
 
 
572 aa  690    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2858  pyruvate dehydrogenase  58.25 
 
 
573 aa  683    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21878  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  69.93 
 
 
577 aa  826    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  69.7 
 
 
575 aa  779    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  60.6 
 
 
573 aa  703    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03967  pyruvate dehydrogenase  61.58 
 
 
575 aa  695    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  100 
 
 
576 aa  1170    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4140  pyruvate dehydrogenase  58.25 
 
 
573 aa  683    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  60.6 
 
 
573 aa  700    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  89.76 
 
 
576 aa  1067    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  59.89 
 
 
572 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  60.77 
 
 
573 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  70.1 
 
 
577 aa  827    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  58.42 
 
 
573 aa  689    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1935  pyruvate dehydrogenase  61.75 
 
 
572 aa  684    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.935279  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  60.77 
 
 
573 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  57.52 
 
 
573 aa  683    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2302  pyruvate dehydrogenase  61.22 
 
 
572 aa  684    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4792  pyruvate dehydrogenase  58.6 
 
 
573 aa  684    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  59.89 
 
 
572 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  59.02 
 
 
572 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2219  pyruvate dehydrogenase  61.93 
 
 
572 aa  688    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.372281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5157  pyruvate dehydrogenase  57.89 
 
 
573 aa  680    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  59.02 
 
 
572 aa  680    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  60.07 
 
 
572 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02710  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  58.81 
 
 
571 aa  685    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3376  pyruvate dehydrogenase  58.6 
 
 
573 aa  684    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  57.39 
 
 
574 aa  673    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  59.89 
 
 
572 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  60.7 
 
 
574 aa  701    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0024  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.82 
 
 
578 aa  649    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.338176  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  59.89 
 
 
572 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  59.19 
 
 
572 aa  681    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3833  pyruvate dehydrogenase  60 
 
 
583 aa  655    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1728  pyruvate dehydrogenase  61.75 
 
 
576 aa  684    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2816  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  68.65 
 
 
577 aa  800    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1677  pyruvate dehydrogenase  70.1 
 
 
577 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.50308  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  57.72 
 
 
573 aa  678    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22790  pyruvate dehydrogenase  54.75 
 
 
578 aa  610  1e-173  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.998017  normal  0.640022 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0284  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  52.19 
 
 
579 aa  586  1e-166  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.600747  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  52.4 
 
 
591 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0367  pyruvate dehydrogenase  52.93 
 
 
579 aa  561  1e-158  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.384564  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3808  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  51.39 
 
 
582 aa  559  1e-158  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0720  pyruvate dehydrogenase  51.03 
 
 
582 aa  560  1e-158  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0590  pyruvate dehydrogenase  49.66 
 
 
582 aa  546  1e-154  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9103  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  52.68 
 
 
577 aa  538  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3196  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  50.6 
 
 
589 aa  532  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000534651 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0214  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  48.06 
 
 
588 aa  533  1e-150  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3149  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  47.05 
 
 
572 aa  534  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0282907  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69925  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  48.95 
 
 
572 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2249  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  43.51 
 
 
579 aa  523  1e-147  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0404885  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2294  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.23 
 
 
578 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.879055  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2307  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  44.23 
 
 
578 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401078  normal  0.110885 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2031  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.06 
 
 
578 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0972  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  45.39 
 
 
581 aa  512  1e-144  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6071  pyruvate dehydrogenase  48.34 
 
 
572 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1010  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  44.12 
 
 
573 aa  508  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0553  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.48 
 
 
576 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3383  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  46.06 
 
 
571 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2187  thiamine pyrophosphate protein central region  45.38 
 
 
572 aa  486  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02520  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  48.54 
 
 
583 aa  487  1e-136  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1899  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  43.75 
 
 
570 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  43.23 
 
 
576 aa  461  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  43.19 
 
 
563 aa  446  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  41.92 
 
 
576 aa  439  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7374  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  41.74 
 
 
576 aa  411  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.693349 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.7 
 
 
549 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  37.81 
 
 
584 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  36.96 
 
 
599 aa  350  5e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  36.9 
 
 
584 aa  346  7e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  35.38 
 
 
566 aa  343  4e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  35.02 
 
 
566 aa  342  1e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  35.02 
 
 
566 aa  342  2e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  34.66 
 
 
566 aa  339  9e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  34.66 
 
 
566 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  32.39 
 
 
579 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  32.39 
 
 
579 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  31.98 
 
 
579 aa  327  3e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  37.06 
 
 
590 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  35.57 
 
 
603 aa  309  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  36.51 
 
 
590 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  32.25 
 
 
578 aa  304  3.0000000000000004e-81  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  35.63 
 
 
608 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  35.63 
 
 
608 aa  301  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  33.97 
 
 
596 aa  299  7e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  35.64 
 
 
744 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>