More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4175 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.92 
 
 		 596 aa  660    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  69.31 
 
 		 597 aa  833    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  55.48 
 
 		 597 aa  668    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  56.83 
 
 		 608 aa  661    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  56.87 
 
 		 744 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  59.73 
 
 		 601 aa  708    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  56.53 
 
 		 598 aa  639    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  56.03 
 
 		 596 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  58.29 
 
 		 606 aa  645    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  57.44 
 
 		 588 aa  707    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  61.63 
 
 		 593 aa  717    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  57.07 
 
 		 595 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  54.67 
 
 		 599 aa  641    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  54.01 
 
 		 613 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  55.75 
 
 		 635 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  62.31 
 
 		 593 aa  725    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  58.12 
 
 		 611 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  55.33 
 
 		 594 aa  662    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.58 
 
 		 596 aa  656    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  67.4 
 
 		 596 aa  843    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  56.14 
 
 		 597 aa  675    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  57.78 
 
 		 608 aa  639    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  57.07 
 
 		 595 aa  675    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  63.53 
 
 		 593 aa  722    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  58.12 
 
 		 611 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  100 
 
 		 593 aa  1216    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  53.95 
 
 		 610 aa  653    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  57.04 
 
 		 598 aa  667    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  58.29 
 
 		 612 aa  642    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  70.44 
 
 		 599 aa  870    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  68.07 
 
 		 599 aa  837    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  56.87 
 
 		 608 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  56.87 
 
 		 608 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  68.24 
 
 		 603 aa  847    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  55.52 
 
 		 595 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  64.19 
 
 		 597 aa  789    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  64.19 
 
 		 596 aa  761    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  57.61 
 
 		 608 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  57 
 
 		 593 aa  633  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  53.75 
 
 		 615 aa  629  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.75 
 
 		 597 aa  627  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  53.68 
 
 		 613 aa  618  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  54.59 
 
 		 590 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  54.25 
 
 		 590 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  53.48 
 
 		 596 aa  590  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  52.78 
 
 		 597 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  50.51 
 
 		 614 aa  568  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  50.52 
 
 		 596 aa  540  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  53.72 
 
 		 586 aa  538  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  50.36 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.36 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.36 
 
 		 574 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  42.52 
 
 		 584 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  43.1 
 
 		 584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  40.37 
 
 		 599 aa  427  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.82 
 
 		 605 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  40.28 
 
 		 600 aa  362  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  36.97 
 
 		 566 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  36.97 
 
 		 566 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  36.62 
 
 		 566 aa  356  5e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  36.62 
 
 		 566 aa  356  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  36.62 
 
 		 566 aa  356  6.999999999999999e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  31.67 
 
 		 579 aa  314  2.9999999999999996e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  31.67 
 
 		 579 aa  314  2.9999999999999996e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  35.33 
 
 		 601 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.33 
 
 		 549 aa  299  8e-80  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  29.46 
 
 		 579 aa  299  9e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2816  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  34.79 
 
 		 577 aa  296  5e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  29.81 
 
 		 578 aa  296  7e-79  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  34.36 
 
 		 572 aa  295  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  34.06 
 
 		 576 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.59 
 
 		 572 aa  290  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  290  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  289  8e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  289  9e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  32.59 
 
 		 572 aa  289  9e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 575 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  32.59 
 
 		 572 aa  289  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  32.64 
 
 		 572 aa  287  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  32.81 
 
 		 572 aa  286  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  32.64 
 
 		 572 aa  287  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  33.78 
 
 		 576 aa  286  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  32.64 
 
 		 572 aa  286  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  32.47 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  32.47 
 
 		 572 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.39 
 
 		 576 aa  284  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  33.74 
 
 		 577 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  33.74 
 
 		 577 aa  282  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  34.05 
 
 		 563 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  33.28 
 
 		 573 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  33.45 
 
 		 574 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.66 
 
 		 578 aa  275  2.0000000000000002e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  32.47 
 
 		 573 aa  274  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  33.51 
 
 		 573 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0590  pyruvate dehydrogenase  32.88 
 
 		 582 aa  272  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  33.1 
 
 		 576 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  32.93 
 
 		 591 aa  268  1e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>