More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1240 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 211 aa  434  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  59.41 
 
 		 219 aa  255  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  69.07 
 
 		 208 aa  254  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 212 aa  250  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  62.31 
 
 		 205 aa  231  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 211 aa  225  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  46.91 
 
 		 213 aa  179  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 211 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 204 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 213 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 201 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 201 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 201 aa  148  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 206 aa  148  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 201 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 201 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 201 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 201 aa  145  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 202 aa  142  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  38.02 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  38.66 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 222 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 199 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 226 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 229 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 199 aa  118  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 210 aa  111  9e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  108  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 192 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 198 aa  106  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3248  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 240 aa  67  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4955  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 424 aa  66.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.868884 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.27 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2162  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0662359 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 241 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 244 aa  64.7  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 219 aa  64.7  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0231  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0126  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3750  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 236 aa  62  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178814  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 287 aa  61.6  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1507  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1507  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.759911  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1530  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>