More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_2259 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
182 aa  357  4e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  60.67 
 
 
233 aa  206  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  57.22 
 
 
186 aa  201  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  56.67 
 
 
186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  57.89 
 
 
181 aa  198  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  53.45 
 
 
176 aa  193  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  51.65 
 
 
180 aa  190  8e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  53.37 
 
 
217 aa  188  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  56.33 
 
 
177 aa  185  3e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  50.25 
 
 
207 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 
208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  54.02 
 
 
180 aa  177  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  44.25 
 
 
176 aa  168  4e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  44.77 
 
 
176 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  41.57 
 
 
179 aa  144  5e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  41.48 
 
 
179 aa  142  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 
179 aa  135  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  40.11 
 
 
179 aa  132  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  42.69 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  40.94 
 
 
170 aa  108  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
173 aa  108  5e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
172 aa  106  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
173 aa  100  8e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 
172 aa  101  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
171 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  38.78 
 
 
235 aa  98.6  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
177 aa  95.9  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
173 aa  95.5  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 
170 aa  94.7  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  37.79 
 
 
197 aa  93.6  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
181 aa  93.2  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
169 aa  93.2  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  35.36 
 
 
176 aa  91.3  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
210 aa  89.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 
169 aa  90.1  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
181 aa  89  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  37.3 
 
 
180 aa  88.6  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
169 aa  88.2  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.22 
 
 
180 aa  87.8  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
173 aa  87.4  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
171 aa  86.7  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
174 aa  85.9  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  35.63 
 
 
170 aa  85.9  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
169 aa  85.5  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 
182 aa  85.5  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
172 aa  84.7  6e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  36.93 
 
 
187 aa  84.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  36.09 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  34.44 
 
 
199 aa  82.8  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 
175 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 
175 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
179 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
179 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.8 
 
 
189 aa  80.1  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
167 aa  79.3  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 
198 aa  78.2  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43626  predicted protein  31.12 
 
 
341 aa  77.8  0.00000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00000259713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.76 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 
200 aa  77  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  35.5 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  33.51 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>