116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1053 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1053  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  522  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.65463  normal  0.0546108 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 175 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  25.64 
 
 		 204 aa  53.5  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2600  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2654  regulatory protein TetR  29.89 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  26.92 
 
 		 193 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3341  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 205 aa  48.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 199 aa  47.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3428  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0832031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 212 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0881  regulatory protein TetR  27.54 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 199 aa  47  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  32.84 
 
 		 193 aa  46.6  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5107  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 225 aa  46.6  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.346129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2750  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 181 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 194 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 192 aa  46.2  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 213 aa  46.2  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 194 aa  45.8  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  46.2  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 211 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 208 aa  45.8  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 218 aa  45.8  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5146  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 209 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  28.26 
 
 		 248 aa  45.4  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0547  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 249 aa  45.4  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1381  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.637245  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0509  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5058  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 221 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.519107  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1812  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436202  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 224 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 211 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3856  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 202 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 216 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2095  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1338  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  44.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00412049  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2820  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 227 aa  44.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310679  normal  0.463394 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  37.1 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  22.16 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2493  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 213 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6450  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 205 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 185 aa  43.5  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 257 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0284  regulatory protein TetR  32.5 
 
 		 215 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 187 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0328  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 215 aa  43.5  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478904  normal  0.0897822 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 218 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  32.89 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 197 aa  43.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2816  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 192 aa  43.5  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3271  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 201 aa  43.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.377871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 189 aa  43.5  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 202 aa  43.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4635  regulatory protein, TetR  29.46 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  25 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2504  putative transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 188 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 335 aa  43.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  42.7  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 196 aa  43.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0360  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 215 aa  42.7  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 191 aa  42.7  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 189 aa  42.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 175 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 231 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 209 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 230 aa  42.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5422  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 198 aa  42.4  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4141  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 243 aa  42.4  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 199 aa  42.4  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 201 aa  42.4  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 197 aa  42.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1495  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  42.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>