More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_14420 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_14420  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 356 aa  697    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.78 
 
 		 363 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.03 
 
 		 359 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  41.19 
 
 		 335 aa  230  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  39.49 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3393  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.54 
 
 		 357 aa  226  6e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  39.66 
 
 		 335 aa  225  9e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  42.65 
 
 		 349 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  41.13 
 
 		 338 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.23 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.62 
 
 		 336 aa  216  7e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.11 
 
 		 334 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  40 
 
 		 334 aa  213  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.52 
 
 		 400 aa  212  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  37.29 
 
 		 335 aa  212  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  36.87 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  36.97 
 
 		 335 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 336 aa  209  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  37.02 
 
 		 335 aa  210  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.5 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.09 
 
 		 337 aa  209  5e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  36.84 
 
 		 335 aa  209  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3224  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.52 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  36.49 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  36.49 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  36.49 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  36.49 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2146  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.61 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  40.17 
 
 		 352 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1098  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.65 
 
 		 342 aa  206  5e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.36 
 
 		 351 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.21 
 
 		 339 aa  205  8e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.59 
 
 		 359 aa  205  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.79 
 
 		 330 aa  205  1e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1239  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.78 
 
 		 361 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.75 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.785398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  36.21 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.9 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18770  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.11 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  40.66 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0710  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.2 
 
 		 348 aa  204  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.975761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  40.66 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  40.24 
 
 		 352 aa  204  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  36.29 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.2 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1797  tartrate dehydrogenase  40.75 
 
 		 360 aa  203  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0306189  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.45 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  38.87 
 
 		 358 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.89 
 
 		 364 aa  202  6e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  40.38 
 
 		 350 aa  202  6e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  39.18 
 
 		 363 aa  202  6e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.65 
 
 		 354 aa  202  7e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.65 
 
 		 354 aa  202  7e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  40.65 
 
 		 363 aa  202  8e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.7 
 
 		 334 aa  202  9e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  36.57 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.39 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  41.23 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  36.2 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  38.75 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.83 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.46 
 
 		 362 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  38.92 
 
 		 360 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.88 
 
 		 354 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  40.35 
 
 		 360 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  40.35 
 
 		 360 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  37.03 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  36.21 
 
 		 335 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.56 
 
 		 356 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4233  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.46 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.397196  normal  0.260479 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  40.45 
 
 		 349 aa  199  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.95 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  39.76 
 
 		 354 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  38.67 
 
 		 359 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  40.35 
 
 		 360 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  40.22 
 
 		 357 aa  199  9e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  38.5 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  36.81 
 
 		 361 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  38.51 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  36.7 
 
 		 359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.55 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  34.25 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  37.19 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  40.35 
 
 		 360 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.06 
 
 		 331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1947  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.57 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  36.84 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0981  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.51 
 
 		 343 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  36.19 
 
 		 361 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  37.5 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1129  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.45 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  39.24 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.36 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.49502 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.09 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 359 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>