More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3393 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3393  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 357 aa  720    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 		 359 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.3 
 
 		 363 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.15 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1170  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.83 
 
 		 345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14420  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  44.54 
 
 		 356 aa  243  5e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.31 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.87 
 
 		 330 aa  239  6.999999999999999e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.17 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1320  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.5 
 
 		 343 aa  236  5.0000000000000005e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.44 
 
 		 330 aa  232  7.000000000000001e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.96 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.26 
 
 		 360 aa  230  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.39 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.39 
 
 		 339 aa  228  2e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  40.06 
 
 		 335 aa  225  1e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  37.43 
 
 		 374 aa  223  4e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.13 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.46 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.39 
 
 		 337 aa  220  3e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.33 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1323  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.06 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  38.63 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.73 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0025  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.42 
 
 		 374 aa  218  1e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  41.29 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1285  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.83 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1286  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.23 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1492  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.23 
 
 		 354 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  38.23 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  37.5 
 
 		 352 aa  215  9e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.64 
 
 		 400 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1312  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.23 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1454  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.78 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1421  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.23 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  37.95 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.24 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.36 
 
 		 338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.99 
 
 		 343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.57 
 
 		 337 aa  213  5.999999999999999e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3890  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.78 
 
 		 354 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1521  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.5 
 
 		 354 aa  212  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.93 
 
 		 359 aa  212  9e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  38.92 
 
 		 359 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  38.25 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.55 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  33.79 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1560  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.22 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.01 
 
 		 357 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.85 
 
 		 358 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  37.4 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.8 
 
 		 364 aa  210  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  39.14 
 
 		 361 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  39.14 
 
 		 361 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  39.14 
 
 		 361 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.74 
 
 		 358 aa  209  7e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  37.8 
 
 		 361 aa  209  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.72 
 
 		 334 aa  209  8e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.02 
 
 		 361 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.68 
 
 		 359 aa  208  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.06 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2989  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.61 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.128527  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3031  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.61 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  38.23 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  37.23 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.4 
 
 		 339 aa  207  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.1 
 
 		 356 aa  207  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.2 
 
 		 359 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  39.23 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  36.78 
 
 		 375 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.36 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.4 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  36.39 
 
 		 335 aa  206  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  36.91 
 
 		 361 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  37.5 
 
 		 360 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3548  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.83 
 
 		 341 aa  206  6e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  36.41 
 
 		 363 aa  206  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  37.5 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  37.36 
 
 		 352 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  36.66 
 
 		 359 aa  205  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  37.23 
 
 		 360 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  38.02 
 
 		 351 aa  205  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  37.77 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  37.4 
 
 		 336 aa  205  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  39.61 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.98 
 
 		 348 aa  205  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2132  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.98 
 
 		 348 aa  205  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  36.86 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.94 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  37.8 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  37.8 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  36.84 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.42 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  38.07 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1124  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.57 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8369  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  37.23 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  37.8 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  36.68 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  38.53 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>