More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0673 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  100 
 
 		 415 aa  837    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  64.72 
 
 		 436 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  64.72 
 
 		 433 aa  543  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  64.72 
 
 		 425 aa  542  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  61.95 
 
 		 434 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  62.1 
 
 		 435 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  58.29 
 
 		 422 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  57.8 
 
 		 423 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  57.56 
 
 		 423 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  56.42 
 
 		 424 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  55.85 
 
 		 423 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  53.37 
 
 		 422 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  51.87 
 
 		 422 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  51.87 
 
 		 422 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  53.12 
 
 		 422 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  51.87 
 
 		 422 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  49.5 
 
 		 426 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  51.12 
 
 		 422 aa  351  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  47.96 
 
 		 424 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  50.62 
 
 		 422 aa  322  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  36.48 
 
 		 407 aa  269  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  35.91 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  36.23 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  35.91 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  35.91 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  35.98 
 
 		 407 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  37.15 
 
 		 406 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  37.15 
 
 		 406 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  37.5 
 
 		 379 aa  260  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 408 aa  256  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 406 aa  253  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  37.77 
 
 		 379 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  37.5 
 
 		 379 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 		 682 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.24 
 
 		 461 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.62 
 
 		 1244 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 768 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.54 
 
 		 721 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 572 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 648 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.13 
 
 		 721 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.2 
 
 		 722 aa  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.83 
 
 		 874 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 757 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.93 
 
 		 716 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.12 
 
 		 571 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  46.99 
 
 		 873 aa  143  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.24 
 
 		 1144 aa  143  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  41.76 
 
 		 976 aa  143  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 737 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.68 
 
 		 947 aa  143  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.51 
 
 		 1147 aa  142  9e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.64 
 
 		 681 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.11 
 
 		 891 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.32 
 
 		 499 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  47.24 
 
 		 594 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  41.18 
 
 		 976 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 		 607 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  39.44 
 
 		 429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2121  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 452 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 		 723 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.24 
 
 		 1247 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  47.59 
 
 		 1245 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  49.03 
 
 		 517 aa  141  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.79 
 
 		 1264 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.99 
 
 		 1245 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  34.98 
 
 		 817 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 501 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.88 
 
 		 1524 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.02 
 
 		 480 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 		 1109 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 557 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 882 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 458 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.51 
 
 		 319 aa  139  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.91 
 
 		 754 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.27 
 
 		 761 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  44.85 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  40 
 
 		 603 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  46.54 
 
 		 792 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  46.54 
 
 		 792 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 		 1247 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.5 
 
 		 905 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 		 577 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 575 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.19 
 
 		 748 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.03 
 
 		 557 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.250965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  43.45 
 
 		 1247 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.45 
 
 		 1247 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 410 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  44.69 
 
 		 443 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.48 
 
 		 1094 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  41.14 
 
 		 892 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.98 
 
 		 882 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.98 
 
 		 882 aa  136  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>