More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2441 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2441  hypothetical protein  100 
 
 		 232 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  90 
 
 		 690 aa  138  7e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  69.15 
 
 		 927 aa  129  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  42.18 
 
 		 903 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2213  RhsD protein precursor  76.27 
 
 		 207 aa  100  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  63.93 
 
 		 913 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2293  RhsD protein  72.88 
 
 		 187 aa  94.4  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  67.74 
 
 		 738 aa  93.2  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  61.76 
 
 		 1429 aa  92.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  60.61 
 
 		 1301 aa  91.7  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  58.46 
 
 		 1467 aa  90.9  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4995  RHS protein  51.95 
 
 		 171 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  62.9 
 
 		 1433 aa  88.6  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  55.88 
 
 		 451 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  58.21 
 
 		 1390 aa  87.8  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  66.1 
 
 		 1381 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  55.13 
 
 		 1791 aa  87  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  56.06 
 
 		 1402 aa  86.3  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  66.13 
 
 		 741 aa  85.9  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  31.47 
 
 		 1384 aa  85.9  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  54.32 
 
 		 1527 aa  85.9  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  51.95 
 
 		 423 aa  85.9  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  57.58 
 
 		 1338 aa  85.9  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  41.18 
 
 		 1626 aa  85.5  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  58.57 
 
 		 866 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  58.21 
 
 		 1418 aa  85.1  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0130  Rhs family protein-like protein  57.58 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  56.72 
 
 		 1586 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  56.72 
 
 		 1595 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0350  RHS protein  40 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  59.38 
 
 		 1348 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  63.49 
 
 		 788 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  65.62 
 
 		 764 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  63.49 
 
 		 788 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  56.92 
 
 		 1654 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  59.09 
 
 		 1583 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3724  Rhs family protein-like protein  60.94 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0108015  hitchhiker  0.00111387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  57.81 
 
 		 1379 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  63.93 
 
 		 705 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3726  hypothetical protein  54.55 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01295  hitchhiker  0.00196674 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  60.61 
 
 		 1189 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  60.32 
 
 		 480 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  56.25 
 
 		 1359 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  47.73 
 
 		 1609 aa  81.6  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  47.56 
 
 		 1568 aa  81.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1825  Rhs family protein  60.94 
 
 		 190 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.337988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  57.97 
 
 		 1770 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  51.43 
 
 		 1385 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  42.71 
 
 		 1560 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  54.55 
 
 		 1620 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  58.21 
 
 		 1494 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  59.02 
 
 		 1421 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  51.32 
 
 		 1614 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0360  guanine-specific ribonuclease N1 and T1  58.73 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  50.67 
 
 		 924 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  44.94 
 
 		 1495 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3884  RHS protein  49.28 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1381 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  41.51 
 
 		 1577 aa  80.1  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1604 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  62.12 
 
 		 1411 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  62.12 
 
 		 1411 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  62.12 
 
 		 1411 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  62.12 
 
 		 1411 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  62.12 
 
 		 1411 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  62.12 
 
 		 1411 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  54.79 
 
 		 605 aa  79.3  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  53.73 
 
 		 1409 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  55.74 
 
 		 1553 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  53.85 
 
 		 1531 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  55.88 
 
 		 1410 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  50.77 
 
 		 1390 aa  79  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  53.73 
 
 		 867 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  50.72 
 
 		 561 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  54.69 
 
 		 1446 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  50.75 
 
 		 1419 aa  78.6  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3727  hypothetical protein  52.78 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00259449  hitchhiker  0.0064722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  55.38 
 
 		 1528 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  58.33 
 
 		 1541 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  50 
 
 		 1400 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  62.12 
 
 		 1308 aa  77.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  63.33 
 
 		 1981 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  50.77 
 
 		 1554 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  48.1 
 
 		 1495 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_003296  RS00908  putative RSH-related protein  61.67 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303359 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  60 
 
 		 917 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  50.72 
 
 		 1411 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  52.86 
 
 		 1572 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  51.43 
 
 		 1386 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  60.61 
 
 		 554 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  52.17 
 
 		 1576 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  55.38 
 
 		 1362 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  60.61 
 
 		 1397 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  60.61 
 
 		 1397 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  62.5 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>