More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3884 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3884  RHS protein  100 
 
 		 231 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  70.83 
 
 		 1400 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  71.72 
 
 		 561 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  69.89 
 
 		 1409 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4995  RHS protein  68.75 
 
 		 171 aa  155  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  73.63 
 
 		 1386 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  69.23 
 
 		 1385 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  60.87 
 
 		 866 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  66.3 
 
 		 451 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  55.64 
 
 		 1411 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  68.13 
 
 		 867 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  68.13 
 
 		 480 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  57.14 
 
 		 1531 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  37.14 
 
 		 1423 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  56.7 
 
 		 1576 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  56.7 
 
 		 1348 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  53.77 
 
 		 1611 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  46.51 
 
 		 1560 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  49.14 
 
 		 1583 aa  123  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  54.55 
 
 		 1572 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  52.48 
 
 		 1390 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  44.27 
 
 		 1614 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  44.44 
 
 		 1421 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  48.25 
 
 		 1446 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  54.46 
 
 		 1609 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  50.51 
 
 		 1402 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  38 
 
 		 1547 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  51.04 
 
 		 924 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  49.54 
 
 		 598 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  44.44 
 
 		 1586 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  46.9 
 
 		 1573 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  50 
 
 		 1568 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  42.14 
 
 		 1586 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  50 
 
 		 1419 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  50.51 
 
 		 1418 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0350  RHS protein  51.46 
 
 		 307 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  52.43 
 
 		 1379 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  51 
 
 		 1620 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  53.68 
 
 		 1595 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  46.67 
 
 		 1410 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  46.36 
 
 		 1654 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  44.09 
 
 		 1362 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  39.86 
 
 		 414 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  49 
 
 		 1520 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0360  guanine-specific ribonuclease N1 and T1  50.98 
 
 		 306 aa  109  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  48.6 
 
 		 1551 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3343  RHS protein  46.09 
 
 		 384 aa  109  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  59.3 
 
 		 1679 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  48.6 
 
 		 583 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  55.17 
 
 		 1770 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  42.86 
 
 		 1604 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  48.96 
 
 		 1492 aa  108  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  49.48 
 
 		 1527 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  48.48 
 
 		 1626 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  48.96 
 
 		 693 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  41.98 
 
 		 1550 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  44.35 
 
 		 553 aa  106  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  50 
 
 		 1384 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  37.66 
 
 		 1495 aa  105  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  48.39 
 
 		 1466 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  50 
 
 		 1359 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  38.93 
 
 		 1554 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3794  Rhs family protein  38.52 
 
 		 357 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0772  RHS protein  48.39 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.728642  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  34.81 
 
 		 312 aa  102  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  53.12 
 
 		 1791 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  44.66 
 
 		 1552 aa  101  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  44.66 
 
 		 1543 aa  101  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0521  Rhs family protein-like protein  49.48 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  34.81 
 
 		 314 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  34.81 
 
 		 314 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  41.27 
 
 		 1388 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  45.45 
 
 		 1530 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  35.36 
 
 		 1409 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  34.25 
 
 		 314 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1494  hypothetical protein  48.96 
 
 		 296 aa  99.8  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.374579  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3695  hypothetical protein  67.74 
 
 		 184 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.63687  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  54.65 
 
 		 1677 aa  99.8  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  43.75 
 
 		 1509 aa  99.4  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  35.29 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  44.57 
 
 		 1539 aa  99  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  44.57 
 
 		 1539 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  41.78 
 
 		 1494 aa  97.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  48.45 
 
 		 1189 aa  96.3  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  42.11 
 
 		 502 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  47.92 
 
 		 477 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  47.92 
 
 		 1399 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  45.19 
 
 		 1527 aa  95.1  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  49.45 
 
 		 927 aa  95.1  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  47.31 
 
 		 1397 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  47.31 
 
 		 1397 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  47.06 
 
 		 1365 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  47.31 
 
 		 1308 aa  93.6  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  51.09 
 
 		 423 aa  93.6  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  47.31 
 
 		 1397 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>