More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3189 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  100 
 
 		 401 aa  805    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 433 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  63.44 
 
 		 409 aa  463  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  62.4 
 
 		 440 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.89 
 
 		 440 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  62.57 
 
 		 455 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  60.8 
 
 		 423 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  56.74 
 
 		 430 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  64.24 
 
 		 459 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  62.15 
 
 		 440 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  55.68 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  56.98 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  60 
 
 		 426 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  57.21 
 
 		 413 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  57.85 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  64.24 
 
 		 319 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  37.01 
 
 		 435 aa  226  7e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  36.95 
 
 		 433 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 627 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 607 aa  99.8  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  29.16 
 
 		 537 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  23.27 
 
 		 504 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 404 aa  94.4  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.96 
 
 		 546 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 538 aa  92.8  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 510 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.12 
 
 		 537 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24 
 
 		 398 aa  89.7  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 406 aa  89.4  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 545 aa  89.4  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 510 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 537 aa  87.4  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 454 aa  87  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  24.67 
 
 		 399 aa  86.7  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 552 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  26.38 
 
 		 527 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  25.93 
 
 		 422 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  27.19 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 407 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  24.71 
 
 		 415 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.64 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  25.98 
 
 		 460 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  27.48 
 
 		 513 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 483 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 625 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 468 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 545 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 568 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 523 aa  77  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 627 aa  77  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  26.39 
 
 		 505 aa  77  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 465 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  24.46 
 
 		 401 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.99 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  26.64 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  26.62 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 526 aa  73.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  28.52 
 
 		 500 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  24.92 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 683 aa  73.2  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.77 
 
 		 457 aa  73.2  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 525 aa  73.2  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 451 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 		 640 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  31.84 
 
 		 393 aa  72.8  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 671 aa  72.4  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 		 497 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 509 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 530 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  25.3 
 
 		 472 aa  72  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  25 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  24.15 
 
 		 577 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 599 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  23.42 
 
 		 529 aa  70.9  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  23.45 
 
 		 540 aa  70.9  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  25.99 
 
 		 484 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  23.93 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>