More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0450 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  53.38 
 
 		 808 aa  833    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  100 
 
 		 792 aa  1625    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  52.98 
 
 		 806 aa  832    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  56.95 
 
 		 762 aa  884    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  54.27 
 
 		 814 aa  837    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  53.51 
 
 		 808 aa  833    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  53.51 
 
 		 804 aa  834    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  88.12 
 
 		 790 aa  1400    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  53.25 
 
 		 810 aa  832    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  54 
 
 		 812 aa  837    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  53.51 
 
 		 808 aa  833    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  53.8 
 
 		 792 aa  832    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  57.55 
 
 		 758 aa  871    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  53.25 
 
 		 806 aa  833    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  88.12 
 
 		 790 aa  1400    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  48.59 
 
 		 716 aa  655    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  43.49 
 
 		 801 aa  645    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  45.9 
 
 		 810 aa  640    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  44.9 
 
 		 817 aa  642    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  49.37 
 
 		 903 aa  660    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  53.51 
 
 		 806 aa  836    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  45.51 
 
 		 801 aa  634  1e-180  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  49.08 
 
 		 722 aa  633  1e-180  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  47.19 
 
 		 751 aa  633  1e-180  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  46.56 
 
 		 709 aa  631  1e-179  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  45.62 
 
 		 788 aa  630  1e-179  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  46.56 
 
 		 706 aa  629  1e-179  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  46.77 
 
 		 751 aa  631  1e-179  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  43.48 
 
 		 770 aa  623  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  46.5 
 
 		 716 aa  622  1e-177  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  44.66 
 
 		 706 aa  619  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  47.54 
 
 		 757 aa  609  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  43.57 
 
 		 774 aa  609  1e-173  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  42.28 
 
 		 715 aa  587  1e-166  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  42.8 
 
 		 759 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  45.16 
 
 		 726 aa  581  1e-164  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  43.58 
 
 		 779 aa  581  1e-164  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  41.12 
 
 		 763 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  41.33 
 
 		 763 aa  566  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  41.95 
 
 		 705 aa  562  1e-158  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  41.98 
 
 		 710 aa  546  1e-154  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  42.84 
 
 		 752 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  41.98 
 
 		 710 aa  547  1e-154  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  39.89 
 
 		 777 aa  533  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  41.74 
 
 		 704 aa  530  1e-149  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  41.23 
 
 		 766 aa  531  1e-149  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  40.98 
 
 		 708 aa  526  1e-148  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  43.32 
 
 		 737 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  42.86 
 
 		 737 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  41.54 
 
 		 737 aa  509  1e-143  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  37.31 
 
 		 720 aa  506  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  37.8 
 
 		 937 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  37 
 
 		 818 aa  498  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.5 
 
 		 801 aa  499  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  40.22 
 
 		 751 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.15 
 
 		 859 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  37.69 
 
 		 857 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  37.69 
 
 		 857 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  38.18 
 
 		 709 aa  493  9.999999999999999e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  37.11 
 
 		 857 aa  492  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  40.85 
 
 		 667 aa  489  1e-137  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.57 
 
 		 877 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  36.26 
 
 		 819 aa  479  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.91 
 
 		 876 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  39.19 
 
 		 803 aa  482  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.62 
 
 		 828 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  37.88 
 
 		 877 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  38.64 
 
 		 742 aa  476  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  38.41 
 
 		 758 aa  476  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  38.16 
 
 		 755 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.07 
 
 		 871 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.68 
 
 		 861 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  36.81 
 
 		 833 aa  470  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  36.95 
 
 		 848 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  36.08 
 
 		 834 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  36.81 
 
 		 864 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.66 
 
 		 1055 aa  468  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  37.54 
 
 		 834 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  38.42 
 
 		 746 aa  465  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  37.56 
 
 		 840 aa  464  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  35.75 
 
 		 810 aa  465  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  38.42 
 
 		 746 aa  465  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  35.66 
 
 		 821 aa  462  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  37.25 
 
 		 907 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  37.25 
 
 		 906 aa  458  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  37.27 
 
 		 838 aa  457  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  38.54 
 
 		 726 aa  459  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  38.4 
 
 		 726 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  37.27 
 
 		 836 aa  459  1e-127  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.55 
 
 		 870 aa  458  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.64 
 
 		 758 aa  456  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  39.28 
 
 		 735 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  37.89 
 
 		 805 aa  458  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  37.11 
 
 		 830 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  38.19 
 
 		 750 aa  457  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  36.1 
 
 		 818 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  35.24 
 
 		 818 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  36.96 
 
 		 796 aa  455  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.42 
 
 		 876 aa  456  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  35.7 
 
 		 827 aa  456  1.0000000000000001e-126  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>