More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3046 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_6180  hypothetical protein  98.23 
 
 		 399 aa  771    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.167509  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  100 
 
 		 562 aa  1108    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  58.29 
 
 		 1477 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 557 aa  316  7e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3401  diguanylate cyclase  99.12 
 
 		 133 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0137912  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 741 aa  209  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.41 
 
 		 531 aa  167  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4428  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.41 
 
 		 524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.11127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.92 
 
 		 531 aa  131  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 339 aa  128  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  27.42 
 
 		 532 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  28.54 
 
 		 548 aa  124  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 405 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3576  hypothetical protein  36.61 
 
 		 796 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.966885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 373 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 428 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.49 
 
 		 543 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 340 aa  114  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 355 aa  114  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 381 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 482 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  39.74 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  37.25 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 363 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 448 aa  111  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 400 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 384 aa  111  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 482 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1126  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 351 aa  110  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 381 aa  110  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 638 aa  110  6e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 398 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 612 aa  110  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 599 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 466 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 351 aa  110  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 466 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 354 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 466 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 332 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 467 aa  109  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 361 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.74 
 
 		 569 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 490 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.68 
 
 		 655 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0053874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 464 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  31.78 
 
 		 634 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 594 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 372 aa  108  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 366 aa  108  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  39.13 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 384 aa  108  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 466 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 466 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.8 
 
 		 523 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 566 aa  107  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 638 aa  107  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 493 aa  107  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 401 aa  107  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 583 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 405 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  34.48 
 
 		 458 aa  107  7e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 396 aa  106  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 454 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 339 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 392 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 355 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 542 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.14 
 
 		 415 aa  106  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 454 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2314  sensory box/GGDEF family protein  26.14 
 
 		 912 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.6229  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  37.22 
 
 		 946 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  34.1 
 
 		 909 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 632 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 507 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 619 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0579  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 668 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 668 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>