More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1504 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 397 aa  755    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  89.26 
 
 		 390 aa  618  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  89.15 
 
 		 386 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  42.55 
 
 		 395 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  43.17 
 
 		 378 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.81 
 
 		 396 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.97 
 
 		 396 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 426 aa  196  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  38.12 
 
 		 391 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  38 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  38.29 
 
 		 408 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 		 427 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.08 
 
 		 396 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.08 
 
 		 396 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.02 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  37.74 
 
 		 402 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  34.47 
 
 		 413 aa  162  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.68 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 		 413 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  34.66 
 
 		 404 aa  137  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  35.6 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  35.64 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  31.35 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.91 
 
 		 297 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.43 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.43 
 
 		 306 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  32.86 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  31.34 
 
 		 392 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.35 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  32.44 
 
 		 383 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  39.68 
 
 		 300 aa  106  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  37.04 
 
 		 301 aa  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  33.43 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.81 
 
 		 380 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  33.7 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 378 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  36.68 
 
 		 312 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 476 aa  98.2  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  31.8 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  32.45 
 
 		 1405 aa  97.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  29.16 
 
 		 407 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.26 
 
 		 351 aa  96.3  9e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.48 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  33.66 
 
 		 386 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  36.56 
 
 		 307 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 385 aa  93.6  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 408 aa  93.6  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.61 
 
 		 402 aa  92.8  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 413 aa  91.3  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 380 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.75 
 
 		 383 aa  91.3  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 609 aa  91.3  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 351 aa  90.5  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 408 aa  90.1  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  34.03 
 
 		 308 aa  90.1  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  28.89 
 
 		 367 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 424 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.68 
 
 		 379 aa  89  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  35.33 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 306 aa  89  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 396 aa  88.6  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 351 aa  88.2  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  34.69 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26.75 
 
 		 451 aa  87.4  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  26.97 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 385 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.49 
 
 		 421 aa  86.7  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 489 aa  86.3  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  33.14 
 
 		 322 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 448 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.65 
 
 		 405 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  28.16 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.16 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  28.16 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  28.16 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  31.21 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  28.16 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  28.16 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  27.17 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  28.16 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  28.16 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  27.6 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.92 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>