122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4253 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  100 
 
 		 336 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  31.65 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  47.22 
 
 		 222 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  47.22 
 
 		 222 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  33.8 
 
 		 209 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  29.34 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  40.85 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  40.85 
 
 		 387 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  32.14 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  39.19 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  30.64 
 
 		 304 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  29.76 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  33.09 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  26.35 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  27.19 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  28.5 
 
 		 371 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  37.34 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2785  fimbrial protein  29.07 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.971875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  26.8 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5940  fimbrial protein  31.97 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  30.08 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  35.81 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  26.94 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0987  fimbrial protein  33.77 
 
 		 187 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.752417  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  30.19 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2878  fimbrial protein  36.84 
 
 		 175 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.905487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  25.1 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  29 
 
 		 380 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6926  Fimbrial protein  27.84 
 
 		 340 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.289443  normal  0.816903 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3925  hypothetical protein  35.71 
 
 		 148 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.121433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1051  fimbrial protein  33.56 
 
 		 174 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0357059 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4840  type-1 fimbrial protein  34.46 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  28.75 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  28.14 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1072  fimbrial protein  27.53 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  29.76 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  28.57 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  27.4 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  32.9 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  32.9 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  29.11 
 
 		 185 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  33.11 
 
 		 184 aa  57  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0209  putative fimbrial subunit  27.59 
 
 		 177 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2279  Fimbrial protein  33.96 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  29.11 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4005  hypothetical protein  28.52 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  28.48 
 
 		 185 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  28.48 
 
 		 185 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04183  major type 1 subunit fimbrin (pilin)  34.46 
 
 		 182 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3683  Fimbrial protein  34.46 
 
 		 182 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.4607  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  32.9 
 
 		 204 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  28.85 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04145  hypothetical protein  34.46 
 
 		 182 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0193  putative fimbrial subunit  28.09 
 
 		 179 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  28.48 
 
 		 185 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0062  fimbrial adhesin precursor  27.14 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.571199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2120  fimbrial protein  30.23 
 
 		 187 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.367974 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2545  fimbrial protein  28.57 
 
 		 360 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.625686 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1664  fimbrial protein  30.23 
 
 		 187 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.515875 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04187  minor component of type 1 fimbriae  25.29 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3679  Fimbrial protein  25.29 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.544356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5824  fimbrial protein FimF  25.29 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4544  fimbrial protein FimF  25.29 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.596311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1519  fimbrial protein  30.51 
 
 		 175 aa  53.1  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04149  hypothetical protein  25.29 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1697  fimbrial protein  27.46 
 
 		 345 aa  53.1  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308958  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0192  putative fimbrial subunit  26.92 
 
 		 179 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0196  putative fimbrial protein  27.72 
 
 		 183 aa  52.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.700219  normal  0.468344 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4845  fimbrial protein FimF  25.29 
 
 		 176 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3836  fimbrial protein-like protein  25.71 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.38252  normal  0.631566 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  27.48 
 
 		 338 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4915  protein FimF  25 
 
 		 176 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0593  putative fimbrial protein  25.49 
 
 		 172 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.394086  normal  0.0160572 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  30 
 
 		 193 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4796  fimbrial protein FimF  26.44 
 
 		 176 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0201  putative fimbrial subunit  26.14 
 
 		 180 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  28.68 
 
 		 176 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  28.68 
 
 		 176 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  28.68 
 
 		 176 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0597  putative fimbrial protein  24.84 
 
 		 172 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167394 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0601  putative fimbrial protein  24.84 
 
 		 172 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176424  normal  0.0654863 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0658  putative fimbrial protein  24.84 
 
 		 172 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.506556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0594  putative fimbrial protein  24.84 
 
 		 172 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.140584  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01468  predicted transcriptional regulator  28.93 
 
 		 178 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00484  predicted fimbrial-like adhesin protein  27.1 
 
 		 171 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3079  Fimbrial protein  27.1 
 
 		 171 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4915  putative major fimbrial subunit  26.12 
 
 		 361 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  31.71 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0609  putative fimbrial protein  27.1 
 
 		 171 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.87429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5763  fimbrial protein  25.19 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317961 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3088  putative fimbrial protein  27.1 
 
 		 171 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00489  hypothetical protein  27.1 
 
 		 171 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5001  putative major fimbrial subunit  26.12 
 
 		 361 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5004  putative major fimbrial subunit  25.75 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0124  fimbrial protein  24.76 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4949  putative major fimbrial subunit  25.75 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4842  putative major fimbrial protein  25.75 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  32.06 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  25.52 
 
 		 355 aa  47.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5793  fimbrial protein  25.95 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0492679 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>