50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4025 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  100 
 
 		 334 aa  678    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  40.88 
 
 		 304 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  34.57 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  33.33 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  32.48 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  32.9 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  29.24 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  39.19 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  28.28 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  28.28 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  27.97 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  27.97 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  31.21 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  28.26 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  28.26 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  32.45 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  27.67 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  27.67 
 
 		 190 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  27.67 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  32.84 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  31.13 
 
 		 176 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  28.99 
 
 		 331 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  31.13 
 
 		 176 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  31.13 
 
 		 176 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  31.25 
 
 		 176 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  30.5 
 
 		 359 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0192  putative fimbrial subunit  30.83 
 
 		 179 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0196  putative fimbrial protein  32.09 
 
 		 183 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.700219  normal  0.468344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0209  putative fimbrial subunit  29.77 
 
 		 177 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0193  putative fimbrial subunit  30.83 
 
 		 179 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  25.1 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  27.14 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  31.87 
 
 		 338 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  29.44 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0062  fimbrial adhesin precursor  25.71 
 
 		 348 aa  47.8  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.571199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0564  Fimbrial protein  26.53 
 
 		 345 aa  47  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.648396 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1816  fimbrial protein-like protein  24.01 
 
 		 338 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146115 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  27.14 
 
 		 323 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  30.57 
 
 		 336 aa  47  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4250  major type 1 subunit fimbrin (pilin)  31.5 
 
 		 175 aa  46.6  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.151797 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0987  fimbrial protein  25.97 
 
 		 187 aa  46.2  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.752417  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2272  fimbrial protein  34.03 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2110  fimbrial protein  34.03 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.380081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2163  fimbrial protein  34.03 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  29.12 
 
 		 354 aa  45.1  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  29.14 
 
 		 380 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  28.35 
 
 		 345 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2872  fimbrial protein  27.22 
 
 		 181 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5940  fimbrial protein  26.09 
 
 		 335 aa  43.1  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  27.47 
 
 		 354 aa  42.7  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>