112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1454 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  100 
 
 
360 aa  727    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  36.81 
 
 
370 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3836  fimbrial protein-like protein  33.53 
 
 
362 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.38252  normal  0.631566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  34.41 
 
 
371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  34.44 
 
 
359 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1888  fimbrial protein  34.56 
 
 
364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0436738  hitchhiker  0.00532877 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01462  predicted fimbrial-like adhesin protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.998876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2142  Fimbrial protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1588  protein FimF-like protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.860042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1693  fimbrial protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2153  fimbrial protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.248521  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01474  hypothetical protein  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2117  protein FimF homolog  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.153043 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1667  protein FimF-like protein  31.45 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.554066 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  33.54 
 
 
185 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  33.54 
 
 
185 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  33.54 
 
 
185 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  33.54 
 
 
185 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  32.91 
 
 
185 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0987  fimbrial protein  32.3 
 
 
187 aa  59.7  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.752417  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  27.4 
 
 
336 aa  59.3  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  25.91 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3918  long polar fimbria protein A  28.03 
 
 
174 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.817058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3962  long polar fimbria protein A  28.03 
 
 
174 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4023  long polar fimbria protein A  28.03 
 
 
174 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  28.36 
 
 
222 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  28.36 
 
 
222 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  30.57 
 
 
182 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  29.3 
 
 
176 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  31.07 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  25.39 
 
 
209 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0028  fimbrial subunit  27.88 
 
 
171 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.143965  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0027  fimbrial protein  27.88 
 
 
171 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0443558  normal  0.0275442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0028  fimbrial subunit  27.88 
 
 
171 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  27.42 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0027  fimbrial subunit  27.88 
 
 
168 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139125  normal  0.0735606 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0026  fimbrial subunit  27.88 
 
 
168 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0429819  normal  0.158284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0124  fimbrial protein  28.85 
 
 
334 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1519  fimbrial protein  27.44 
 
 
175 aa  53.5  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3853  long polar fimbria protein A  28.39 
 
 
174 aa  53.1  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2785  fimbrial protein  25.14 
 
 
317 aa  52.8  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.971875  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  27.65 
 
 
306 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1523  fimbrial protein  29.68 
 
 
170 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1546  fimbrial protein  29.68 
 
 
170 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114826  normal  0.375148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  28.21 
 
 
345 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  29.09 
 
 
193 aa  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  26.17 
 
 
319 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1146  fimbrial protein  29.68 
 
 
170 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541309  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1626  fimbrial protein  29.68 
 
 
170 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3624  fimbrial protein  26.47 
 
 
194 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1601  fimbrial protein  29.68 
 
 
170 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.406485 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4460  putative type 1 fimbrial protein  26.47 
 
 
194 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00480  predicted fimbrial-like adhesin protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3083  Fimbrial protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205144  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0604  type-1 fimbrial protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000140279  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0571  type-1 fimbrial protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3092  fimbrial protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.124321  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0575  type-1 fimbrial protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0562802  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00485  hypothetical protein  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0631  type-1 fimbrial protein homolog  32.14 
 
 
180 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.168996  normal  0.298976 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03009  predicted fimbrial-like adhesin protein  26.47 
 
 
194 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04183  major type 1 subunit fimbrin (pilin)  30.37 
 
 
182 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3683  Fimbrial protein  30.37 
 
 
182 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.4607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02960  hypothetical protein  26.47 
 
 
194 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5116  fimbrial protein  26.24 
 
 
339 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0391315  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3334  putative type 1 fimbrial protein  26.47 
 
 
194 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.370999  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04145  hypothetical protein  30.37 
 
 
182 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0556  fimbrial protein  26.47 
 
 
194 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.710135  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0563  Fimbrial protein  26.47 
 
 
194 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2060  FimA  30.86 
 
 
210 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12007  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  26.45 
 
 
176 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1655  FimA  32.1 
 
 
170 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0316225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1896  fimbrial protein  32.1 
 
 
170 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0170475  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  26.45 
 
 
176 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1909  fimbrial protein  32.1 
 
 
170 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.783563  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  26.45 
 
 
176 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04184  fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis  28.57 
 
 
179 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3682  Fimbrial protein  28.57 
 
 
179 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4541  type-1 fimbrial protein  28.57 
 
 
179 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0222698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04146  hypothetical protein  28.57 
 
 
179 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4842  type-1 fimbrial protein  28.57 
 
 
165 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  28.36 
 
 
336 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  31.65 
 
 
184 aa  47  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5821  type-1 fimbrial protein homolog  28.57 
 
 
165 aa  47  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0192  putative fimbrial subunit  25 
 
 
179 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0193  putative fimbrial subunit  25 
 
 
179 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2283  Fimbrial protein  30.38 
 
 
183 aa  46.6  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.185473  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.58 
 
 
323 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4771  fimbrial protein  29.03 
 
 
170 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560585  normal  0.583963 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  31.9 
 
 
380 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  29.86 
 
 
331 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  31.58 
 
 
323 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  25.47 
 
 
355 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.58 
 
 
204 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.58 
 
 
323 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04793  P pilus assembly protein  25.64 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  24.83 
 
 
319 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4725  fimbrial protein  32 
 
 
187 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0619942  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1664  fimbrial protein  27.1 
 
 
187 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.515875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0209  putative fimbrial subunit  27.5 
 
 
177 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>