65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3929 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  100 
 
 		 222 aa  453  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  100 
 
 		 222 aa  453  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  55.56 
 
 		 209 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  52.04 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3925  hypothetical protein  52.45 
 
 		 148 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.121433 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  47.22 
 
 		 336 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  38.02 
 
 		 351 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  36.02 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  37.27 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  33.57 
 
 		 387 aa  91.7  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  33.57 
 
 		 387 aa  91.7  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  34.31 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  31.97 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  33.33 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  31.62 
 
 		 318 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  28.26 
 
 		 334 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.5 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  33.15 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  33.87 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.5 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  32.61 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  31.41 
 
 		 380 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  28.36 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2878  fimbrial protein  34.48 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.905487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  28.66 
 
 		 329 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  32.64 
 
 		 306 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  33.91 
 
 		 331 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  28.89 
 
 		 338 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  33.33 
 
 		 345 aa  48.9  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  31.25 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01474  hypothetical protein  29.13 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  29.94 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  27.97 
 
 		 185 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2153  fimbrial protein  29.13 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.248521  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2142  Fimbrial protein  29.13 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278828  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3836  fimbrial protein-like protein  29.41 
 
 		 362 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.38252  normal  0.631566 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01462  predicted fimbrial-like adhesin protein  29.13 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.998876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1588  protein FimF-like protein  29.13 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.860042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1693  fimbrial protein  29.13 
 
 		 176 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1667  protein FimF-like protein  29.13 
 
 		 176 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.554066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  29.8 
 
 		 370 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2117  protein FimF homolog  29.13 
 
 		 176 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.153043 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  27.97 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  28.49 
 
 		 355 aa  45.8  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2872  fimbrial protein  29.41 
 
 		 181 aa  45.4  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  29.11 
 
 		 193 aa  45.4  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  26.57 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0593  putative fimbrial protein  24.37 
 
 		 172 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.394086  normal  0.0160572 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00489  hypothetical protein  28.32 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00484  predicted fimbrial-like adhesin protein  28.32 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3088  putative fimbrial protein  28.32 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3079  Fimbrial protein  28.32 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0609  putative fimbrial protein  28.32 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.87429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  25.97 
 
 		 336 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  27.97 
 
 		 185 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  27.97 
 
 		 185 aa  42.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  25.69 
 
 		 327 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3290  fimbrial protein  28.95 
 
 		 197 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0324288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  30.43 
 
 		 371 aa  42.4  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0658  putative fimbrial protein  22.69 
 
 		 172 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.506556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0594  putative fimbrial protein  22.69 
 
 		 172 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.140584  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4005  hypothetical protein  28.77 
 
 		 300 aa  42  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0597  putative fimbrial protein  22.69 
 
 		 172 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167394 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  30.7 
 
 		 182 aa  42  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0601  putative fimbrial protein  22.69 
 
 		 172 aa  42  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176424  normal  0.0654863 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>