45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3037 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  100 
 
 		 351 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  39.07 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  37.56 
 
 		 209 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  38.02 
 
 		 222 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  38.02 
 
 		 222 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  29.34 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0764  fimbrial protein  40.35 
 
 		 129 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.445184  normal  0.0124058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  32.64 
 
 		 359 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3926  hypothetical protein  39.18 
 
 		 126 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.183651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  28.48 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  31.21 
 
 		 334 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  28.48 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  33.61 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  27.78 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  27.78 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  31.03 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  31.16 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  28.78 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2120  fimbrial protein  28.21 
 
 		 187 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.367974 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1664  fimbrial protein  28.21 
 
 		 187 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.515875 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3925  hypothetical protein  30.84 
 
 		 148 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.121433 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0987  fimbrial protein  27.37 
 
 		 187 aa  50.4  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.752417  normal  0.0768978 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01468  predicted transcriptional regulator  29.55 
 
 		 178 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  27.34 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04183  major type 1 subunit fimbrin (pilin)  27.42 
 
 		 182 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04145  hypothetical protein  27.42 
 
 		 182 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3683  Fimbrial protein  27.42 
 
 		 182 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.4607  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1888  fimbrial protein  25.37 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0436738  hitchhiker  0.00532877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  31.9 
 
 		 338 aa  46.2  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  26.28 
 
 		 176 aa  46.2  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  23.81 
 
 		 370 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  29.81 
 
 		 329 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  28.83 
 
 		 184 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  25.17 
 
 		 371 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  27.91 
 
 		 380 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0026  fimbrial subunit  26.75 
 
 		 168 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0429819  normal  0.158284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4408  fimbrial subunit CupC1  28.8 
 
 		 203 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0028  fimbrial subunit  26.75 
 
 		 171 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0027  fimbrial protein  26.75 
 
 		 171 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0443558  normal  0.0275442 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0028  fimbrial subunit  26.75 
 
 		 171 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.143965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0027  fimbrial subunit  26.75 
 
 		 168 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139125  normal  0.0735606 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  28.22 
 
 		 336 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  25.42 
 
 		 200 aa  43.5  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  26.28 
 
 		 360 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4840  type-1 fimbrial protein  27.42 
 
 		 182 aa  42.7  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>