35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1888 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1888  fimbrial protein  100 
 
 		 364 aa  744    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0436738  hitchhiker  0.00532877 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  41.98 
 
 		 370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  39.84 
 
 		 371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  43.44 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3836  fimbrial protein-like protein  32.5 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.38252  normal  0.631566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  34.56 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  29.06 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  30.43 
 
 		 176 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  26.06 
 
 		 190 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  26.06 
 
 		 190 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  27.09 
 
 		 200 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2878  fimbrial protein  27.56 
 
 		 175 aa  49.7  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.905487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4096  long polar fimbrial operon protein LpfA  25.45 
 
 		 190 aa  49.7  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  29.45 
 
 		 193 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0027  fimbrial subunit  24.56 
 
 		 168 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139125  normal  0.0735606 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0028  fimbrial subunit  24.56 
 
 		 171 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.143965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0027  fimbrial protein  24.56 
 
 		 171 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0443558  normal  0.0275442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0028  fimbrial subunit  24.56 
 
 		 171 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0026  fimbrial subunit  24.56 
 
 		 168 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0429819  normal  0.158284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2785  fimbrial protein  24.53 
 
 		 317 aa  46.6  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.971875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  31.61 
 
 		 306 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  25.37 
 
 		 351 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0564  Fimbrial protein  29.33 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.648396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  24.88 
 
 		 355 aa  45.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4796  fimbrial protein FimF  28.41 
 
 		 176 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5824  fimbrial protein FimF  29.01 
 
 		 176 aa  44.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  27.63 
 
 		 315 aa  44.3  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4845  fimbrial protein FimF  29.01 
 
 		 176 aa  44.3  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04187  minor component of type 1 fimbriae  29.01 
 
 		 176 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04149  hypothetical protein  29.01 
 
 		 176 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4544  fimbrial protein FimF  29.01 
 
 		 176 aa  43.5  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.596311  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3679  Fimbrial protein  29.01 
 
 		 176 aa  43.5  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.544356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4915  protein FimF  28.4 
 
 		 176 aa  43.5  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1072  fimbrial protein  21.67 
 
 		 305 aa  43.5  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  30.53 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>