36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1343 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  100 
 
 		 315 aa  646    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  45.03 
 
 		 319 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  44.72 
 
 		 319 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  36.74 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  35.94 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  31.77 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  32.27 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  36.03 
 
 		 387 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  36.03 
 
 		 387 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  33.09 
 
 		 336 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  34.31 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  34.31 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  26.77 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  28.1 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  29.41 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  28.82 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  28.82 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  34.42 
 
 		 336 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  31.16 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  28.82 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6926  Fimbrial protein  29.58 
 
 		 340 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.289443  normal  0.816903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  24.73 
 
 		 331 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  23.73 
 
 		 380 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0124  fimbrial protein  28.86 
 
 		 334 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0564  Fimbrial protein  30.63 
 
 		 345 aa  47  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.648396 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5825  protein fimG  25.74 
 
 		 167 aa  44.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04188  minor component of type 1 fimbriae  25.74 
 
 		 167 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04150  hypothetical protein  25.74 
 
 		 167 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4916  protein fimG  25.74 
 
 		 167 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4545  protein fimG  25.74 
 
 		 167 aa  44.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  27.04 
 
 		 327 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1888  fimbrial protein  27.63 
 
 		 364 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0436738  hitchhiker  0.00532877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3678  Fimbrial protein  25.74 
 
 		 167 aa  44.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.343861  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4846  protein fimG  25 
 
 		 167 aa  44.3  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  26.53 
 
 		 329 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1816  fimbrial protein-like protein  27.5 
 
 		 338 aa  42.7  0.008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146115 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>