64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0765 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  100 
 
 		 209 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  87.98 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  55.56 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  55.56 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  37.56 
 
 		 351 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3925  hypothetical protein  50.82 
 
 		 148 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.121433 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  33.8 
 
 		 336 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  34.62 
 
 		 319 aa  95.9  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  34.93 
 
 		 387 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  34.93 
 
 		 387 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  33.33 
 
 		 319 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  28.28 
 
 		 334 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  28.1 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  31.09 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  30.25 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  30.82 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  28.65 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  26.85 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.03 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  30.54 
 
 		 323 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.54 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.36 
 
 		 323 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  29.53 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  29.53 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  25.39 
 
 		 360 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0987  fimbrial protein  28.97 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.752417  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  28.86 
 
 		 185 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  29.53 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0596  type-1 fimbrial protein subunit A  28.86 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0272864 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  35.59 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  29.23 
 
 		 338 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  31.85 
 
 		 193 aa  49.7  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2227  fimbrial protein, putative  25.84 
 
 		 370 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0719141  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5793  fimbrial protein  29.07 
 
 		 311 aa  48.9  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0492679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  32 
 
 		 338 aa  48.9  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0026  fimbrial subunit  29.03 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0429819  normal  0.158284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0027  fimbrial subunit  29.03 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139125  normal  0.0735606 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0028  fimbrial subunit  26.74 
 
 		 171 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3836  fimbrial protein-like protein  28.3 
 
 		 362 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.38252  normal  0.631566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0027  fimbrial protein  26.74 
 
 		 171 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0443558  normal  0.0275442 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0028  fimbrial subunit  26.74 
 
 		 171 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.143965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  31.21 
 
 		 345 aa  46.2  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  26.6 
 
 		 329 aa  46.2  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  32.2 
 
 		 331 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2878  fimbrial protein  32.58 
 
 		 175 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.905487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2875  fimbrial protein  27.08 
 
 		 355 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3079  Fimbrial protein  27.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  26 
 
 		 200 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00489  hypothetical protein  27.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3088  putative fimbrial protein  27.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0609  putative fimbrial protein  27.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.87429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  33.1 
 
 		 306 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00484  predicted fimbrial-like adhesin protein  27.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  28 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  28 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4540  type-1 fimbrial protein  29.09 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00344914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0124  fimbrial protein  33.33 
 
 		 334 aa  42.4  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  27.52 
 
 		 380 aa  42.4  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1270  putative fimbrial protein  26.67 
 
 		 332 aa  42.4  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.20213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5763  fimbrial protein  28.47 
 
 		 396 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317961 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  36.67 
 
 		 327 aa  41.6  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2283  Fimbrial protein  29.66 
 
 		 183 aa  41.6  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.185473  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1664  fimbrial protein  31.58 
 
 		 187 aa  41.6  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.515875 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2120  fimbrial protein  31.58 
 
 		 187 aa  41.6  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.367974 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>