113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3914 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3914  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.201642  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3613  regulatory protein, TetR  70.22 
 
 		 243 aa  322  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4541  regulatory protein, TetR  33.96 
 
 		 219 aa  118  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0842313  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0540  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 247 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000321251  hitchhiker  0.0000104132 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3518  regulatory protein, TetR  36.45 
 
 		 215 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3534  hypothetical protein  35.75 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0544  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000992558 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1567  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2397  regulatory protein, TetR  25 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1288  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1159  regulatory protein, TetR  46.43 
 
 		 231 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1035  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.168916  normal  0.097412 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 205 aa  49.3  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 254 aa  49.3  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0118  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 222 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 259 aa  48.5  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 259 aa  48.5  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1606  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.912424  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1274  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.636376  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  34.43 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3010  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2817  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4628  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000955982  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 192 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0005  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 218 aa  47  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0576727  normal  0.763846 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 211 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0108  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 222 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  26.26 
 
 		 200 aa  46.2  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2546  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.275318  decreased coverage  0.00000294801 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0686  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 247 aa  46.2  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 218 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 202 aa  45.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5762  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 204 aa  45.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.182054  normal  0.0696367 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 207 aa  45.4  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0132  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 222 aa  45.4  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 222 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2937  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 222 aa  45.1  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0118  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 222 aa  45.1  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.980303  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0026  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 194 aa  45.1  0.0009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.348467  normal  0.209562 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  23.04 
 
 		 215 aa  45.1  0.0009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3298  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4122  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 200 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5248  putative transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.66171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  34.74 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5058  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 221 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.519107  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 194 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2057  putative transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334012  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2316  transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2551  regulatory protein TetR  31.63 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  23.36 
 
 		 198 aa  43.5  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0117  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0064  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 198 aa  43.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 208 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 198 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 187 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  30.99 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 223 aa  43.1  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.33 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 203 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6467  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  29.49 
 
 		 234 aa  42.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.17 
 
 		 217 aa  42.7  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 219 aa  42.7  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6828  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 225 aa  42.4  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196798  normal  0.216852 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 222 aa  42.4  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 237 aa  42.4  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.85 
 
 		 227 aa  42.4  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 201 aa  42.4  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 212 aa  42.4  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 216 aa  42.4  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4929  putative transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 205 aa  42  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.182818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 212 aa  42  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 223 aa  42  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 206 aa  42  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  42  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>