More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0193 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  100 
 
 		 147 aa  301  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  53.69 
 
 		 155 aa  137  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  40.14 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  38.73 
 
 		 133 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  38.73 
 
 		 133 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  40 
 
 		 135 aa  94.7  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  34.51 
 
 		 148 aa  92.8  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.55 
 
 		 170 aa  90.9  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  39.19 
 
 		 144 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  39.19 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  32.43 
 
 		 169 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  33.8 
 
 		 144 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  37.66 
 
 		 162 aa  87.4  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  35.66 
 
 		 151 aa  87.4  6e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  35.66 
 
 		 151 aa  87  7e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  39.39 
 
 		 122 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  46.22 
 
 		 164 aa  86.3  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  43.65 
 
 		 152 aa  84  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.41 
 
 		 146 aa  84  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  30.67 
 
 		 143 aa  83.6  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  41.1 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.27 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  37.27 
 
 		 161 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.24 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  36.05 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  36.05 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  33.8 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  33.33 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  32.43 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  37.41 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  37.41 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  34.78 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.93 
 
 		 150 aa  75.9  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  35 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  36.88 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  35.62 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  34.06 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  32.17 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  35.51 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  32.9 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  38.78 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  40.82 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  35.81 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.92 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  32.45 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  33.81 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  35.81 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  31.48 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  34.75 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  33.57 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  32 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  33.09 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.11 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  30.71 
 
 		 130 aa  67  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  31.94 
 
 		 130 aa  67  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2443  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  37.42 
 
 		 164 aa  65.5  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.88 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  31.43 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  31.43 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  27.67 
 
 		 164 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  31.79 
 
 		 151 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  42.19 
 
 		 160 aa  63.5  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  32.31 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  33.11 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  32.39 
 
 		 133 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  33.33 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.1 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  30.56 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  34.82 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2557  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  35.37 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  28.26 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  34.13 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.43 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  31.54 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  31.94 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  30.77 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.43 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1096  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.45 
 
 		 157 aa  57.8  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.292656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  33.11 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  31.76 
 
 		 163 aa  57  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  44.62 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  30.43 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  30.43 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  30.43 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  30.71 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  38.57 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  38.57 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  30.71 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  43.48 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  41.54 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  32.08 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  41.67 
 
 		 174 aa  53.9  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  30.77 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  34.23 
 
 		 156 aa  54.3  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.33 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0855  pilus assembly protein  33.61 
 
 		 126 aa  53.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  35.71 
 
 		 167 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0096  hypothetical protein  36.17 
 
 		 163 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.062594 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  30.82 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>