More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0508 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  349  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  87.72 
 
 
182 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  83.52 
 
 
176 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  75.14 
 
 
176 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  74.85 
 
 
198 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  68.45 
 
 
173 aa  243  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  67.07 
 
 
173 aa  237  5.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  52.76 
 
 
199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  51.53 
 
 
169 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  49.69 
 
 
185 aa  157  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 
187 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 
169 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 
169 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 
167 aa  153  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.73 
 
 
212 aa  144  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 
188 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 
171 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 
189 aa  136  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 
224 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  42.78 
 
 
189 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  45.91 
 
 
166 aa  133  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
221 aa  133  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  44.05 
 
 
231 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 
189 aa  132  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 
189 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 
189 aa  132  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  43.45 
 
 
201 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  45.56 
 
 
223 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.56 
 
 
223 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 
176 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
173 aa  126  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 
200 aa  126  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  41.48 
 
 
204 aa  124  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  38.41 
 
 
185 aa  118  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  43.67 
 
 
206 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
168 aa  115  3e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  42.76 
 
 
163 aa  112  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
175 aa  110  8.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
173 aa  109  3e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
191 aa  108  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
179 aa  105  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  43.36 
 
 
157 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
179 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
178 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.22 
 
 
166 aa  97.8  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 
188 aa  97.8  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  40.8 
 
 
169 aa  94.7  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
175 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
175 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  33.96 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
182 aa  92.8  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  34.59 
 
 
175 aa  91.7  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 
178 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.1 
 
 
170 aa  90.9  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.02 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 
167 aa  89.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 
163 aa  90.1  2e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  31.9 
 
 
168 aa  89.4  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
184 aa  88.6  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
182 aa  88.2  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
182 aa  88.6  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
177 aa  88.2  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
175 aa  88.6  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
183 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
183 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  30.38 
 
 
182 aa  87.4  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  31.68 
 
 
171 aa  87.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
160 aa  85.9  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
176 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
175 aa  86.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.57 
 
 
174 aa  85.9  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  32.53 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  32.53 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
173 aa  85.1  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 
189 aa  84.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  29.07 
 
 
181 aa  84  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>