136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4264 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  359  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1297  transcriptional regulator, TetR family  81.77 
 
 		 182 aa  290  5e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1146  TetR family transcriptional regulator  67.78 
 
 		 194 aa  216  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3422  transcriptional regulator, TetR family  62.43 
 
 		 187 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.296256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2134  transcriptional regulator, TetR family  53.59 
 
 		 186 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  56.5 
 
 		 186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  55.93 
 
 		 186 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3102  regulatory protein TetR  62.43 
 
 		 187 aa  191  6e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44802  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3295  transcriptional regulator, TetR family  60.8 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0676  TetR family transcriptional regulator  56.59 
 
 		 191 aa  188  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.49013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7842  TetR family transcriptional regulator  59.64 
 
 		 182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341573  normal  0.515425 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0043  transcriptional regulator, TetR family  48.6 
 
 		 188 aa  147  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3948  transcriptional regulator, TetR family  43.71 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 186 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 205 aa  61.2  0.000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  25 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 191 aa  52  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 194 aa  51.2  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 194 aa  51.2  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 190 aa  51.2  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 191 aa  50.8  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 199 aa  50.8  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 220 aa  50.4  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 213 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  28.74 
 
 		 204 aa  49.7  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 186 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  27.11 
 
 		 188 aa  48.9  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 194 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0106  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 192 aa  48.5  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.431172  normal  0.200565 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 193 aa  47.8  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 193 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 193 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1648  hypothetical protein  23.6 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273732 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  28.83 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 205 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2059  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 211 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0245  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 208 aa  45.1  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 209 aa  45.1  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  37.78 
 
 		 198 aa  45.1  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 226 aa  45.1  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 188 aa  44.7  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 195 aa  44.7  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 193 aa  44.7  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 198 aa  44.3  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0122  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 204 aa  44.3  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.288839  decreased coverage  0.00195597 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 207 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 214 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 197 aa  44.3  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3845  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  20.96 
 
 		 193 aa  44.3  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  24.31 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.89 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 221 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  40.38 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 204 aa  42.7  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 209 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 213 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 204 aa  42.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 234 aa  42.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0427  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>