More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3410 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  100 
 
 		 357 aa  706    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  81.97 
 
 		 357 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.08 
 
 		 357 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  55.81 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  50.99 
 
 		 358 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4927  RND family efflux transporter MFP subunit  51.3 
 
 		 354 aa  332  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72338  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  46.89 
 
 		 368 aa  308  6.999999999999999e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 		 361 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  46.84 
 
 		 369 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.01 
 
 		 362 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.49 
 
 		 357 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  45.22 
 
 		 364 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.2 
 
 		 384 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  45.72 
 
 		 361 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  41.14 
 
 		 356 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  40.11 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  40.97 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.98 
 
 		 383 aa  255  9e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  43.82 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  41.21 
 
 		 355 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  40.74 
 
 		 387 aa  247  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  42 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  41.43 
 
 		 355 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.09 
 
 		 356 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  41.14 
 
 		 355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  40.53 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.77 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  41.21 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  35.82 
 
 		 363 aa  212  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.96 
 
 		 360 aa  202  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 		 369 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  35.88 
 
 		 361 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  37.14 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  35.29 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  35.29 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  37.54 
 
 		 370 aa  180  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  34.73 
 
 		 369 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 369 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 369 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  33.03 
 
 		 363 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  34.18 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  34.17 
 
 		 396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  35.93 
 
 		 405 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  35.52 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  37.46 
 
 		 402 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 523 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 370 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 394 aa  169  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 		 361 aa  169  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 388 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 396 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  36.12 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  35.78 
 
 		 359 aa  167  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  33.82 
 
 		 363 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  33.14 
 
 		 357 aa  166  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 418 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.19 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  35.91 
 
 		 365 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 403 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.66 
 
 		 379 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  33.14 
 
 		 372 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 402 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  32.9 
 
 		 371 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.47 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  34 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  35.23 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  33.9 
 
 		 394 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  32.57 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.47 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.62 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  32.15 
 
 		 351 aa  153  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.75 
 
 		 383 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 395 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.65 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  35.31 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 385 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.56 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>