More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0982 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 389 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  89.92 
 
 		 397 aa  679    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  91.24 
 
 		 394 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  83.46 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  78.19 
 
 		 379 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  62.5 
 
 		 400 aa  440  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  54.35 
 
 		 392 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  57.85 
 
 		 390 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  52.65 
 
 		 386 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  52.65 
 
 		 386 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  56.1 
 
 		 415 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  52.8 
 
 		 384 aa  362  5.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  50 
 
 		 384 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  53.12 
 
 		 381 aa  352  7e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  50 
 
 		 394 aa  343  2e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  57.83 
 
 		 379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  50.71 
 
 		 378 aa  343  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  61.02 
 
 		 403 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  47.07 
 
 		 384 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  49.15 
 
 		 378 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  53.95 
 
 		 390 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  44.29 
 
 		 382 aa  325  1e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  46.69 
 
 		 377 aa  323  2e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  48.15 
 
 		 378 aa  322  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  46.61 
 
 		 383 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  47.5 
 
 		 382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  48.31 
 
 		 382 aa  320  3e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  48.89 
 
 		 377 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  46.17 
 
 		 377 aa  319  5e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  45.7 
 
 		 383 aa  316  5e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  46.89 
 
 		 378 aa  315  6e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  44.02 
 
 		 389 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  46.17 
 
 		 381 aa  313  4.999999999999999e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  43.51 
 
 		 381 aa  312  6.999999999999999e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  44.93 
 
 		 383 aa  312  6.999999999999999e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  51.25 
 
 		 391 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  44.96 
 
 		 380 aa  311  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  46.67 
 
 		 395 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  43.63 
 
 		 383 aa  308  8e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  45.21 
 
 		 387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  42.51 
 
 		 383 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  43.16 
 
 		 400 aa  305  6e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  41.92 
 
 		 380 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  46.09 
 
 		 382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  43.25 
 
 		 385 aa  301  2e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  41.71 
 
 		 377 aa  298  8e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  45.15 
 
 		 372 aa  298  1e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  43.05 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  45.14 
 
 		 413 aa  297  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  42.12 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  44.89 
 
 		 377 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  44.89 
 
 		 377 aa  292  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  53.85 
 
 		 358 aa  288  9e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  46.41 
 
 		 398 aa  288  1e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  44.99 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  45.74 
 
 		 381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  46.63 
 
 		 500 aa  276  7e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  40.87 
 
 		 390 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  43.11 
 
 		 485 aa  269  7e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  42.55 
 
 		 390 aa  266  5e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.59 
 
 		 492 aa  265  7e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39.59 
 
 		 492 aa  264  2e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  41.98 
 
 		 385 aa  262  8.999999999999999e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  42.52 
 
 		 504 aa  261  1e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  42.45 
 
 		 389 aa  262  1e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  39.88 
 
 		 492 aa  261  1e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  44.48 
 
 		 508 aa  259  4e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  41.11 
 
 		 394 aa  259  8e-68  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  41.55 
 
 		 406 aa  257  2e-67  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  41.23 
 
 		 389 aa  256  6e-67  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  43.79 
 
 		 483 aa  255  7e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  37.68 
 
 		 492 aa  253  3e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  44.22 
 
 		 503 aa  253  3e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  41.55 
 
 		 375 aa  252  8.000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  43.88 
 
 		 509 aa  251  1e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  41.01 
 
 		 516 aa  251  2e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  42.94 
 
 		 511 aa  248  2e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  37.83 
 
 		 492 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  37.71 
 
 		 388 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  46.64 
 
 		 287 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  36.46 
 
 		 514 aa  241  1e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1765  2-isopropylmalate synthase  38.44 
 
 		 460 aa  237  3e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  42.29 
 
 		 378 aa  236  4e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  38.46 
 
 		 505 aa  236  6e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  38.3 
 
 		 386 aa  236  7e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.84 
 
 		 504 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  39.14 
 
 		 383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  38.31 
 
 		 500 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  37.1 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  37.16 
 
 		 376 aa  233  3e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  37.6 
 
 		 525 aa  233  3e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  40.29 
 
 		 515 aa  233  5e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  34.36 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0409  pyruvate carboxyltransferase  51.04 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000285195  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  34.36 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  38.37 
 
 		 386 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  41.67 
 
 		 496 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  36.89 
 
 		 377 aa  230  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  35.39 
 
 		 514 aa  230  3e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  35.49 
 
 		 502 aa  229  6e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>