More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2269 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 392 aa  793    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  57.65 
 
 		 386 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  57.65 
 
 		 386 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  58.86 
 
 		 384 aa  431  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  58.9 
 
 		 384 aa  408  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  57.34 
 
 		 381 aa  409  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  54.86 
 
 		 394 aa  399  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  55.14 
 
 		 378 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  54.89 
 
 		 397 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  54.37 
 
 		 384 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  53.48 
 
 		 378 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  56.79 
 
 		 415 aa  388  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  54.35 
 
 		 389 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  56.22 
 
 		 400 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  55.83 
 
 		 394 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  57.91 
 
 		 379 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  53.93 
 
 		 395 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  52.04 
 
 		 378 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  55.77 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  49.73 
 
 		 382 aa  354  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  47.03 
 
 		 400 aa  351  1e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  48.91 
 
 		 382 aa  349  5e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  48.77 
 
 		 383 aa  346  4e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  47.01 
 
 		 389 aa  342  5e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  48.37 
 
 		 383 aa  342  8e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  49.18 
 
 		 383 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  43.94 
 
 		 382 aa  332  6e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  48.49 
 
 		 378 aa  330  2e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  47.03 
 
 		 380 aa  330  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  48.11 
 
 		 377 aa  330  3e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  48.65 
 
 		 377 aa  329  7e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  49.31 
 
 		 377 aa  328  8e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  48.6 
 
 		 372 aa  328  8e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  48.15 
 
 		 413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  44.05 
 
 		 380 aa  326  5e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  47.28 
 
 		 390 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  51.59 
 
 		 390 aa  322  8e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  42.66 
 
 		 383 aa  317  3e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  47.37 
 
 		 382 aa  316  5e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  43.56 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  56.13 
 
 		 403 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  50.43 
 
 		 391 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  43.87 
 
 		 381 aa  311  9e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  48.71 
 
 		 398 aa  310  2e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  43.44 
 
 		 381 aa  310  2e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  42.05 
 
 		 377 aa  310  4e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  43.12 
 
 		 387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  43.6 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  50.73 
 
 		 379 aa  304  2.0000000000000002e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  44.93 
 
 		 377 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  44.93 
 
 		 377 aa  301  9e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  41.76 
 
 		 390 aa  295  7e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  45.11 
 
 		 504 aa  291  2e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  52.96 
 
 		 358 aa  289  7e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  45.91 
 
 		 500 aa  287  2e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  41.73 
 
 		 383 aa  286  5e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  46.17 
 
 		 381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  42.25 
 
 		 377 aa  282  8.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  42.54 
 
 		 389 aa  275  8e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  41.6 
 
 		 375 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  41.05 
 
 		 485 aa  265  1e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  42.29 
 
 		 483 aa  264  2e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  40.93 
 
 		 383 aa  261  1e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  45.15 
 
 		 503 aa  261  1e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  39.36 
 
 		 381 aa  259  6e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  40.49 
 
 		 390 aa  259  6e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  41 
 
 		 385 aa  258  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  41.26 
 
 		 385 aa  257  3e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.51 
 
 		 496 aa  256  6e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  37.3 
 
 		 492 aa  255  9e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  41.28 
 
 		 406 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  37.03 
 
 		 492 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  38.87 
 
 		 377 aa  253  5.000000000000001e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.32 
 
 		 504 aa  251  2e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  38.9 
 
 		 389 aa  250  4e-65  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0109  (R)-citramalate synthase  42.18 
 
 		 460 aa  248  1e-64  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  40.06 
 
 		 388 aa  247  3e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  35.95 
 
 		 492 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  35.95 
 
 		 492 aa  246  6e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  39.88 
 
 		 386 aa  245  8e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  36.26 
 
 		 492 aa  245  9e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0409  pyruvate carboxyltransferase  44.3 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000285195  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  37.57 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  38.5 
 
 		 394 aa  241  1e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  37.26 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  36.51 
 
 		 405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  37.16 
 
 		 514 aa  238  1e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  36.78 
 
 		 386 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  38.36 
 
 		 393 aa  236  6e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2770  pyruvate carboxyltransferase  36.89 
 
 		 438 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  44.98 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  41.29 
 
 		 511 aa  233  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  38.53 
 
 		 376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  41.29 
 
 		 508 aa  231  2e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  44.44 
 
 		 287 aa  231  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  35.92 
 
 		 387 aa  230  3e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  36.66 
 
 		 490 aa  230  3e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  40 
 
 		 372 aa  230  4e-59  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  36.34 
 
 		 388 aa  229  5e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  37.4 
 
 		 514 aa  228  2e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>