More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3619 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 390 aa  767    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  57.61 
 
 		 397 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  57.85 
 
 		 389 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  55.26 
 
 		 379 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  57.34 
 
 		 394 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  56.81 
 
 		 400 aa  354  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  57.7 
 
 		 415 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  56.86 
 
 		 402 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  47.28 
 
 		 392 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  53.09 
 
 		 378 aa  322  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  50.42 
 
 		 384 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  49.85 
 
 		 386 aa  317  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  49.85 
 
 		 386 aa  317  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  45.58 
 
 		 384 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  48.03 
 
 		 395 aa  306  3e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  46.78 
 
 		 382 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  44.23 
 
 		 389 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  46.38 
 
 		 378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  47.88 
 
 		 381 aa  303  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  44.5 
 
 		 377 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  44.51 
 
 		 382 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  51.1 
 
 		 378 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  44.54 
 
 		 383 aa  300  4e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  42.27 
 
 		 378 aa  299  7e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  60.69 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  42.59 
 
 		 377 aa  295  7e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  40.85 
 
 		 382 aa  295  8e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  43.04 
 
 		 400 aa  295  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  41.51 
 
 		 377 aa  294  2e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  52.82 
 
 		 379 aa  293  3e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  43.96 
 
 		 380 aa  293  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  40.97 
 
 		 377 aa  292  8e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  43.5 
 
 		 383 aa  291  9e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  41.19 
 
 		 372 aa  291  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  40.7 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  44.38 
 
 		 383 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  41.69 
 
 		 382 aa  288  9e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  43.32 
 
 		 383 aa  288  1e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  41.18 
 
 		 383 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  43.75 
 
 		 381 aa  285  7e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  47.29 
 
 		 384 aa  285  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  45.24 
 
 		 394 aa  283  4.0000000000000003e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  42.31 
 
 		 386 aa  281  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  40.17 
 
 		 377 aa  279  5e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  48.56 
 
 		 381 aa  280  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  41.69 
 
 		 380 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  40.49 
 
 		 381 aa  278  2e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  42.86 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  43.22 
 
 		 387 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  43.2 
 
 		 413 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  44.92 
 
 		 398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  50.29 
 
 		 390 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  49.85 
 
 		 391 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  41.5 
 
 		 390 aa  266  5e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  41.4 
 
 		 381 aa  262  8e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  38.34 
 
 		 405 aa  259  4e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  39.41 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  40.8 
 
 		 485 aa  258  1e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  41.62 
 
 		 504 aa  256  6e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  41.81 
 
 		 390 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  40.53 
 
 		 389 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  40.37 
 
 		 492 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  51.96 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  40.76 
 
 		 383 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  40.11 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  40.4 
 
 		 375 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  36.49 
 
 		 492 aa  243  6e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  39.2 
 
 		 406 aa  240  4e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  46.24 
 
 		 287 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.79 
 
 		 500 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  38.04 
 
 		 389 aa  238  2e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  35.68 
 
 		 492 aa  237  2e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  37.54 
 
 		 393 aa  236  4e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  37.24 
 
 		 492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  41.59 
 
 		 483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  40 
 
 		 385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  36.95 
 
 		 492 aa  233  5e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  38.25 
 
 		 514 aa  231  1e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  37.87 
 
 		 393 aa  231  2e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  38.33 
 
 		 389 aa  231  2e-59  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  37.35 
 
 		 514 aa  228  1e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  38.17 
 
 		 387 aa  227  2e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  44.24 
 
 		 503 aa  227  3e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  37.65 
 
 		 514 aa  227  3e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  37.65 
 
 		 514 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  41.54 
 
 		 509 aa  225  8e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  41.96 
 
 		 508 aa  225  1e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  35.93 
 
 		 386 aa  225  1e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  36.62 
 
 		 377 aa  224  3e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  38.32 
 
 		 388 aa  224  3e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  35.76 
 
 		 505 aa  223  6e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  38.41 
 
 		 394 aa  222  7e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  36.78 
 
 		 388 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  41.16 
 
 		 511 aa  220  3e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  36.23 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  40.06 
 
 		 378 aa  218  1e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0109  (R)-citramalate synthase  41.04 
 
 		 460 aa  218  2e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  39.3 
 
 		 516 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  36.49 
 
 		 376 aa  215  8e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  35.1 
 
 		 386 aa  216  8e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>