More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0690 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  100 
 
 
389 aa  801    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  71.28 
 
 
385 aa  554  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  71.51 
 
 
375 aa  548  1e-155  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  64.55 
 
 
385 aa  501  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  65.05 
 
 
381 aa  500  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  63.93 
 
 
390 aa  496  1e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  62.3 
 
 
383 aa  484  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  44.72 
 
 
382 aa  305  7e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  43.36 
 
 
377 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  44.54 
 
 
382 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  43.87 
 
 
383 aa  301  1e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  43.21 
 
 
382 aa  296  6e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  43.96 
 
 
378 aa  293  5e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  42.86 
 
 
385 aa  291  1e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  45.45 
 
 
381 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  42.86 
 
 
383 aa  290  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  45.4 
 
 
377 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  42.47 
 
 
383 aa  290  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  45.4 
 
 
377 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  43.21 
 
 
384 aa  290  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  44.03 
 
 
378 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  45.21 
 
 
377 aa  289  7e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  43.24 
 
 
382 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  42.01 
 
 
386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  41.76 
 
 
381 aa  286  5.999999999999999e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  42.59 
 
 
389 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  41.78 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  44 
 
 
377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  42.47 
 
 
383 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  41.08 
 
 
400 aa  279  5e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  44.11 
 
 
394 aa  279  6e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  42.98 
 
 
381 aa  279  6e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  41.1 
 
 
377 aa  279  8e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  42.31 
 
 
380 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  42.97 
 
 
400 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  44.44 
 
 
377 aa  276  6e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  42.54 
 
 
392 aa  275  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  44.23 
 
 
415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  41.05 
 
 
380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  42.01 
 
 
390 aa  273  6e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  41.71 
 
 
413 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  41.92 
 
 
378 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  43.29 
 
 
395 aa  271  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  41.85 
 
 
384 aa  269  5.9999999999999995e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  43.6 
 
 
386 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  43.6 
 
 
386 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  41.53 
 
 
383 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  40.76 
 
 
372 aa  265  8e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  42.54 
 
 
384 aa  264  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  42.78 
 
 
398 aa  264  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  45.95 
 
 
390 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  40.33 
 
 
378 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  43.72 
 
 
391 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  42.16 
 
 
397 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  40.53 
 
 
390 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.51 
 
 
492 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  42.45 
 
 
389 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  38.67 
 
 
492 aa  248  1e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  38.75 
 
 
386 aa  247  2e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  38.4 
 
 
492 aa  247  2e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  38.75 
 
 
386 aa  246  4e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  39.16 
 
 
514 aa  245  8e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  38.38 
 
 
514 aa  245  8e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  36.39 
 
 
386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  37.6 
 
 
492 aa  243  3e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  38.18 
 
 
386 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  37.85 
 
 
492 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  38.24 
 
 
389 aa  243  6e-63  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  38.78 
 
 
388 aa  242  7e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  41.19 
 
 
402 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  38.12 
 
 
514 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  47.25 
 
 
403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  39.11 
 
 
508 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  37.86 
 
 
514 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  41.4 
 
 
379 aa  240  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  41.08 
 
 
378 aa  240  4e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  42.54 
 
 
394 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  38.25 
 
 
406 aa  239  9e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  46.03 
 
 
358 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  42.94 
 
 
379 aa  237  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  38.84 
 
 
504 aa  237  3e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  38.4 
 
 
387 aa  236  4e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  38.81 
 
 
500 aa  236  4e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  38.67 
 
 
509 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  37.53 
 
 
376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  40.75 
 
 
376 aa  233  5e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  41.87 
 
 
381 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  35.71 
 
 
485 aa  232  8.000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  37.09 
 
 
505 aa  231  2e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  37.09 
 
 
393 aa  231  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  38.92 
 
 
377 aa  230  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  37.23 
 
 
394 aa  229  5e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  41.09 
 
 
503 aa  229  7e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  34.97 
 
 
514 aa  228  1e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  37.25 
 
 
393 aa  228  1e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  38.12 
 
 
515 aa  226  6e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  38.95 
 
 
516 aa  225  1e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1459  2-isopropylmalate synthase  36.27 
 
 
511 aa  225  1e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.281807 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  37.15 
 
 
388 aa  224  2e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  39.03 
 
 
372 aa  223  6e-57  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>