More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4489 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 
398 aa  793    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  71.86 
 
 
413 aa  527  1e-148  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  48.1 
 
 
382 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  48.66 
 
 
377 aa  362  6e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  48.66 
 
 
377 aa  361  1e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  49.58 
 
 
372 aa  360  2e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  45.73 
 
 
382 aa  347  2e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  46.07 
 
 
377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  47.25 
 
 
377 aa  343  4e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  48.63 
 
 
377 aa  342  9e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  47.57 
 
 
381 aa  341  1e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  46.7 
 
 
378 aa  340  2e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  48.1 
 
 
377 aa  340  2e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  46.83 
 
 
390 aa  340  2.9999999999999998e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  52.39 
 
 
384 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  47.55 
 
 
382 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  44.86 
 
 
383 aa  332  7.000000000000001e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  48.79 
 
 
378 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  48.92 
 
 
389 aa  331  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  43.96 
 
 
380 aa  330  3e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  43.75 
 
 
385 aa  330  4e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  44.69 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  45.5 
 
 
386 aa  329  6e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  46.83 
 
 
382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  48.89 
 
 
378 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  48.71 
 
 
392 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  48.6 
 
 
384 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  44.85 
 
 
383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  50.14 
 
 
415 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  46.67 
 
 
383 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  47.84 
 
 
400 aa  315  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  43.62 
 
 
387 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  47.43 
 
 
395 aa  313  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  44.53 
 
 
400 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  46.11 
 
 
383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  47.62 
 
 
380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  47.32 
 
 
397 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  44.83 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  44.83 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  52.05 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  47.61 
 
 
384 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  45.88 
 
 
378 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  46.43 
 
 
389 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  47.45 
 
 
381 aa  294  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  47.8 
 
 
402 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  47.01 
 
 
394 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  45 
 
 
383 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  47.16 
 
 
379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  44.92 
 
 
390 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  40.17 
 
 
492 aa  281  2e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  43.47 
 
 
394 aa  279  8e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  40.29 
 
 
492 aa  278  1e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  42.78 
 
 
389 aa  276  4e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  42.54 
 
 
406 aa  276  4e-73  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.76 
 
 
500 aa  276  6e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  40.29 
 
 
492 aa  275  9e-73  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  43.19 
 
 
504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  42.3 
 
 
389 aa  273  3e-72  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  45.56 
 
 
391 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  39.6 
 
 
492 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  41.83 
 
 
485 aa  272  9e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  39.31 
 
 
492 aa  271  1e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  40.16 
 
 
394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  41.99 
 
 
381 aa  270  5e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  43.05 
 
 
508 aa  269  5.9999999999999995e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  43.33 
 
 
509 aa  269  7e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  39.26 
 
 
388 aa  267  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 
390 aa  268  2e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  41.39 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  50.91 
 
 
403 aa  266  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  46.33 
 
 
390 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  42.32 
 
 
483 aa  263  3e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  39.57 
 
 
393 aa  263  3e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  41.97 
 
 
377 aa  262  1e-68  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  38.57 
 
 
377 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  42.74 
 
 
378 aa  261  2e-68  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  37.67 
 
 
405 aa  260  3e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  38.27 
 
 
514 aa  259  4e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  37.47 
 
 
514 aa  259  4e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  45.09 
 
 
503 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  43.63 
 
 
515 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  39.51 
 
 
383 aa  257  2e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  42.78 
 
 
511 aa  258  2e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  45.66 
 
 
381 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  37.2 
 
 
514 aa  256  3e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  42.22 
 
 
385 aa  256  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  42.42 
 
 
516 aa  256  4e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  38.17 
 
 
389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  40.85 
 
 
372 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  37.36 
 
 
514 aa  251  2e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  38.23 
 
 
514 aa  251  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  46.96 
 
 
358 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.75 
 
 
504 aa  249  6e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  38.78 
 
 
386 aa  249  8e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  42.25 
 
 
385 aa  248  1e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.54 
 
 
496 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  39.03 
 
 
490 aa  242  7e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  39.03 
 
 
376 aa  242  9e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0214  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  41.41 
 
 
347 aa  241  1e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.693207  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  40.35 
 
 
387 aa  241  2e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>