More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4450 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 402 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  84.84 
 
 		 397 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  83.46 
 
 		 389 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  84.88 
 
 		 394 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  78.63 
 
 		 379 aa  574  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  62.57 
 
 		 400 aa  433  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  55.77 
 
 		 392 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  56.76 
 
 		 415 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  56.86 
 
 		 390 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  56.44 
 
 		 384 aa  368  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  49.19 
 
 		 386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  49.19 
 
 		 386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  49.87 
 
 		 384 aa  349  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  51.1 
 
 		 378 aa  347  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  47.23 
 
 		 384 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  49.73 
 
 		 378 aa  338  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  57.48 
 
 		 379 aa  336  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  50.55 
 
 		 381 aa  334  1e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  48.53 
 
 		 394 aa  329  4e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  59.79 
 
 		 403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  46.34 
 
 		 377 aa  324  2e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  47.77 
 
 		 382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  47.47 
 
 		 395 aa  319  5e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  47.99 
 
 		 377 aa  317  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  47.47 
 
 		 382 aa  316  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  44.41 
 
 		 400 aa  315  9e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  47.51 
 
 		 378 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  50.66 
 
 		 391 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  46.28 
 
 		 377 aa  313  2.9999999999999996e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  50.82 
 
 		 390 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  46.7 
 
 		 383 aa  310  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  45.21 
 
 		 389 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  45.63 
 
 		 378 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  45.18 
 
 		 372 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  45.36 
 
 		 383 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  44.63 
 
 		 382 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  43.7 
 
 		 381 aa  303  5.000000000000001e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  42.58 
 
 		 380 aa  302  9e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  41.51 
 
 		 382 aa  300  3e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  44.93 
 
 		 380 aa  300  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  44.38 
 
 		 383 aa  299  6e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  47.8 
 
 		 398 aa  297  2e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  46.05 
 
 		 413 aa  296  5e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  43.99 
 
 		 383 aa  292  6e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  43.87 
 
 		 381 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  40.98 
 
 		 377 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  43.68 
 
 		 387 aa  291  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  41.85 
 
 		 377 aa  290  4e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  41.69 
 
 		 383 aa  288  9e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  42.15 
 
 		 377 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  42.15 
 
 		 377 aa  286  4e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  43.13 
 
 		 390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  41.96 
 
 		 385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  53.14 
 
 		 358 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  43.21 
 
 		 381 aa  281  2e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  42.35 
 
 		 386 aa  281  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  42.93 
 
 		 485 aa  279  7e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  46.49 
 
 		 500 aa  279  8e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  45.38 
 
 		 381 aa  278  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  42.98 
 
 		 504 aa  271  2e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39.3 
 
 		 492 aa  264  2e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  39.59 
 
 		 492 aa  263  3e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39 
 
 		 492 aa  263  3e-69  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  44.32 
 
 		 503 aa  261  1e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  43.32 
 
 		 390 aa  260  3e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  38.71 
 
 		 492 aa  259  4e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  42.93 
 
 		 516 aa  259  7e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  39.43 
 
 		 388 aa  257  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 508 aa  256  5e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  42 
 
 		 389 aa  255  9e-67  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  42.23 
 
 		 483 aa  254  3e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  41.19 
 
 		 389 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  40.99 
 
 		 394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  41.71 
 
 		 406 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  43.19 
 
 		 509 aa  252  7e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  37.54 
 
 		 492 aa  251  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.87 
 
 		 504 aa  248  9e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  42.62 
 
 		 511 aa  247  3e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  39.78 
 
 		 375 aa  247  3e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  37.95 
 
 		 386 aa  246  4e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  42.86 
 
 		 496 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  42.11 
 
 		 515 aa  243  6e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  40.7 
 
 		 385 aa  241  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  38.36 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  39.04 
 
 		 386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  37.91 
 
 		 376 aa  240  4e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  36.76 
 
 		 514 aa  240  4e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  39.6 
 
 		 500 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  38.14 
 
 		 386 aa  236  4e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  37.29 
 
 		 386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  36.22 
 
 		 514 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  42.77 
 
 		 378 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  36.76 
 
 		 514 aa  233  6e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  37.68 
 
 		 387 aa  232  1e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  37.68 
 
 		 388 aa  231  2e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  36.22 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  34.65 
 
 		 502 aa  229  4e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 287 aa  229  7e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  38.95 
 
 		 383 aa  229  9e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  37.92 
 
 		 517 aa  226  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>