More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0529 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  100 
 
 		 391 aa  637    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  100 
 
 		 358 aa  704    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  91.64 
 
 		 390 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  55.52 
 
 		 397 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  52.65 
 
 		 392 aa  309  5e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  55.37 
 
 		 378 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  56.07 
 
 		 389 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  54.97 
 
 		 384 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  54.97 
 
 		 415 aa  295  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  51.98 
 
 		 395 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  55.12 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  51.82 
 
 		 394 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  52.01 
 
 		 386 aa  290  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  52.01 
 
 		 386 aa  290  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  51.33 
 
 		 384 aa  288  7e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  54.72 
 
 		 402 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  53.97 
 
 		 394 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  54.55 
 
 		 379 aa  282  5.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  49.84 
 
 		 384 aa  278  8e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  51.49 
 
 		 378 aa  278  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  51.66 
 
 		 382 aa  278  9e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  51 
 
 		 382 aa  275  7e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  49.5 
 
 		 383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  51.83 
 
 		 400 aa  272  7e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  53.33 
 
 		 379 aa  272  8.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  49.34 
 
 		 378 aa  270  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  52.44 
 
 		 390 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  50.17 
 
 		 377 aa  266  5e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  47.84 
 
 		 389 aa  266  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  47.02 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  47.33 
 
 		 382 aa  264  1e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  49 
 
 		 377 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  57.33 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  47.51 
 
 		 383 aa  260  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  46.03 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  47.32 
 
 		 383 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  47 
 
 		 378 aa  256  3e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  48.5 
 
 		 383 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  46.86 
 
 		 380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  46.13 
 
 		 372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  49.35 
 
 		 377 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  49.34 
 
 		 398 aa  251  1e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  45.64 
 
 		 381 aa  250  2e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  46 
 
 		 382 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  46.46 
 
 		 377 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  46.13 
 
 		 377 aa  245  9e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  44.82 
 
 		 380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  48.33 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  45.78 
 
 		 387 aa  242  7e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  45.79 
 
 		 377 aa  241  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  47.64 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  46.91 
 
 		 381 aa  239  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  42.95 
 
 		 385 aa  236  6e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  44.3 
 
 		 390 aa  235  8e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  47.96 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  45.59 
 
 		 287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  43.14 
 
 		 390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  44.15 
 
 		 386 aa  232  8.000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  42.37 
 
 		 383 aa  228  9e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  42.21 
 
 		 377 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  44.85 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  39.53 
 
 		 381 aa  222  7e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  42.71 
 
 		 375 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  45.87 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  44.93 
 
 		 385 aa  220  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0409  pyruvate carboxyltransferase  49.58 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000285195  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  43.69 
 
 		 485 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  41.97 
 
 		 406 aa  212  7e-54  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  40.66 
 
 		 389 aa  209  8e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  46.42 
 
 		 500 aa  209  8e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  39.4 
 
 		 388 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  44.98 
 
 		 503 aa  206  6e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  41.08 
 
 		 504 aa  206  7e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  39.86 
 
 		 376 aa  203  3e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  43.62 
 
 		 378 aa  202  6e-51  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.73 
 
 		 492 aa  202  8e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  43.52 
 
 		 508 aa  202  8e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  43.45 
 
 		 483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  39.67 
 
 		 492 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  39.53 
 
 		 388 aa  200  3e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  42.47 
 
 		 509 aa  197  3e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  41.64 
 
 		 511 aa  196  5.000000000000001e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  37.69 
 
 		 514 aa  194  2e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  40.98 
 
 		 372 aa  191  1e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.39 
 
 		 492 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1227  pyruvate carboxyltransferase  41.69 
 
 		 418 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  40.07 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  37.82 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39.06 
 
 		 492 aa  191  2e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  43.24 
 
 		 376 aa  189  5e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  40.98 
 
 		 515 aa  189  5.999999999999999e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  39 
 
 		 490 aa  187  2e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  44.71 
 
 		 504 aa  187  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  39.06 
 
 		 492 aa  186  5e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2032  2-isopropylmalate synthase  35.24 
 
 		 390 aa  186  6e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0014  pyruvate carboxyltransferase  37.11 
 
 		 398 aa  186  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  39.31 
 
 		 511 aa  186  7e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  34.54 
 
 		 502 aa  185  9e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1765  2-isopropylmalate synthase  37.74 
 
 		 460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  36.99 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>