More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1604 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  100 
 
 		 378 aa  761    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  81.7 
 
 		 389 aa  649    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  81.75 
 
 		 406 aa  649    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  76.76 
 
 		 372 aa  592  1e-168  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  57.26 
 
 		 394 aa  437  1e-121  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  54.13 
 
 		 514 aa  388  1e-107  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  51.28 
 
 		 514 aa  382  1e-105  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  51.23 
 
 		 514 aa  384  1e-105  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  52.05 
 
 		 514 aa  382  1e-105  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  51.78 
 
 		 514 aa  380  1e-104  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  52.83 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  51.43 
 
 		 492 aa  373  1e-102  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  54.19 
 
 		 492 aa  374  1e-102  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  50.27 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  52.99 
 
 		 492 aa  365  1e-100  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  52.06 
 
 		 492 aa  363  2e-99  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  52.1 
 
 		 492 aa  363  4e-99  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  52.02 
 
 		 500 aa  358  9.999999999999999e-98  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  48 
 
 		 502 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  48.49 
 
 		 485 aa  351  1e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  47.24 
 
 		 500 aa  345  1e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  48.92 
 
 		 490 aa  342  5.999999999999999e-93  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0603  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 		 522 aa  342  5.999999999999999e-93  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0910176 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0214  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  52.44 
 
 		 347 aa  341  1e-92  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.693207  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  50.88 
 
 		 483 aa  341  1e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2219  2-isopropylmalate synthase  47.25 
 
 		 499 aa  336  5e-91  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2111  pyruvate carboxyltransferase  47.63 
 
 		 491 aa  334  1e-90  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  49.33 
 
 		 525 aa  331  1e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0109  (R)-citramalate synthase  47.97 
 
 		 460 aa  331  1e-89  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  48.35 
 
 		 393 aa  331  1e-89  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  47.44 
 
 		 393 aa  329  6e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  48.8 
 
 		 517 aa  328  1.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  48.24 
 
 		 509 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  46.56 
 
 		 387 aa  326  5e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  48.8 
 
 		 505 aa  325  9e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1758  2-isopropylmalate synthase  47.45 
 
 		 520 aa  325  9e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1183  2-isopropylmalate synthase  48.84 
 
 		 515 aa  324  1e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2593  2-isopropylmalate synthase  49.72 
 
 		 515 aa  325  1e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  47.22 
 
 		 503 aa  324  2e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  45.85 
 
 		 512 aa  322  6e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  48.26 
 
 		 507 aa  322  6e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  42.71 
 
 		 504 aa  322  7e-87  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  43.65 
 
 		 386 aa  322  8e-87  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0384  2-isopropylmalate synthase  45.88 
 
 		 513 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1520  2-isopropylmalate synthase  48.92 
 
 		 506 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0599  2-isopropylmalate synthase  48.8 
 
 		 516 aa  321  9.999999999999999e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.541423 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1559  2-isopropylmalate synthase  49.18 
 
 		 500 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1322  2-isopropylmalate synthase  46.37 
 
 		 506 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  45.09 
 
 		 518 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0367  2-isopropylmalate synthase  45.62 
 
 		 513 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3891  2-isopropylmalate synthase  48.51 
 
 		 500 aa  320  3e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  44.82 
 
 		 512 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1284  2-isopropylmalate synthase  48.38 
 
 		 506 aa  319  5e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1459  2-isopropylmalate synthase  48.13 
 
 		 511 aa  318  7e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.281807 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  43.32 
 
 		 386 aa  318  7.999999999999999e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2360  pyruvate carboxyltransferase  46.7 
 
 		 479 aa  318  7.999999999999999e-86  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  42.51 
 
 		 386 aa  318  7.999999999999999e-86  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1285  2-isopropylmalate synthase  48.53 
 
 		 506 aa  318  1e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1123  2-isopropylmalate synthase  48.65 
 
 		 506 aa  317  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527779  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1491  2-isopropylmalate synthase  48.38 
 
 		 506 aa  317  2e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  45.21 
 
 		 513 aa  315  6e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1311  2-isopropylmalate synthase  48.11 
 
 		 506 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.855244  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0859  2-isopropylmalate synthase  49.44 
 
 		 515 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1420  2-isopropylmalate synthase  48.11 
 
 		 506 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1453  2-isopropylmalate synthase  47.97 
 
 		 500 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  44.95 
 
 		 516 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  42.78 
 
 		 386 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  45.62 
 
 		 503 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  46.38 
 
 		 507 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1589  2-isopropylmalate synthase  46.2 
 
 		 510 aa  313  3.9999999999999997e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  45.87 
 
 		 509 aa  313  3.9999999999999997e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1743  2-isopropylmalate synthase  47.18 
 
 		 510 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.461114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  45.93 
 
 		 532 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0014  pyruvate carboxyltransferase  46.03 
 
 		 398 aa  311  1e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  44.95 
 
 		 515 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  46.28 
 
 		 508 aa  310  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1669  2-isopropylmalate synthase  45.62 
 
 		 511 aa  310  4e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0438  2-isopropylmalate synthase  46.01 
 
 		 504 aa  309  5e-83  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.734565  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  45.33 
 
 		 514 aa  308  8e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  44.2 
 
 		 382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1874  2-isopropylmalate synthase  45.31 
 
 		 522 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315845 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2770  pyruvate carboxyltransferase  46.07 
 
 		 438 aa  307  2.0000000000000002e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  44.68 
 
 		 515 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  45.6 
 
 		 509 aa  305  6e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  44.15 
 
 		 519 aa  306  6e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  45.62 
 
 		 536 aa  305  7e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  45.79 
 
 		 508 aa  305  8.000000000000001e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2094  2-isopropylmalate synthase  46.15 
 
 		 509 aa  305  8.000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1243  2-isopropylmalate synthase  43.48 
 
 		 568 aa  305  8.000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2131  2-isopropylmalate synthase  46.15 
 
 		 509 aa  305  8.000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1897  2-isopropylmalate synthase  45 
 
 		 523 aa  305  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  45.5 
 
 		 496 aa  305  9.000000000000001e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1981  2-isopropylmalate synthase  44.74 
 
 		 523 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1781  2-isopropylmalate synthase  47.28 
 
 		 442 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  45.15 
 
 		 536 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0596  2-isopropylmalate synthase  44.91 
 
 		 532 aa  304  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1775  2-isopropylmalate synthase  48.24 
 
 		 516 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  46.01 
 
 		 516 aa  303  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  45.15 
 
 		 536 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1193  2-isopropylmalate synthase  45.74 
 
 		 504 aa  303  3.0000000000000004e-81  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>