More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1557 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  100 
 
 		 379 aa  744    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  55.62 
 
 		 397 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  56.53 
 
 		 389 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  56.79 
 
 		 402 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  55.68 
 
 		 394 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  50.56 
 
 		 392 aa  322  5e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  47.65 
 
 		 377 aa  322  8e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  52.68 
 
 		 400 aa  321  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  50.97 
 
 		 413 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  54.11 
 
 		 379 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  52.91 
 
 		 384 aa  318  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  53.52 
 
 		 415 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  49.86 
 
 		 378 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  53.91 
 
 		 390 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  50.55 
 
 		 381 aa  310  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  50.14 
 
 		 390 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  53.33 
 
 		 391 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  44.69 
 
 		 372 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  44.66 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  44.78 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  46.34 
 
 		 394 aa  303  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  47.12 
 
 		 383 aa  302  7.000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  45.33 
 
 		 378 aa  301  1e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  49.15 
 
 		 378 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  50.55 
 
 		 398 aa  300  4e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  45.63 
 
 		 384 aa  294  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  48.76 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  43.99 
 
 		 383 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  44.69 
 
 		 386 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  44.69 
 
 		 386 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  42.97 
 
 		 389 aa  289  6e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  43.77 
 
 		 377 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  45.53 
 
 		 384 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  43.77 
 
 		 377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  43.44 
 
 		 383 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  42.66 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  43.32 
 
 		 400 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  43.51 
 
 		 382 aa  281  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  43.94 
 
 		 378 aa  279  7e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  41.58 
 
 		 382 aa  278  8e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  42.82 
 
 		 380 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  43.21 
 
 		 386 aa  276  4e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  42.25 
 
 		 383 aa  276  6e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  54.4 
 
 		 403 aa  275  9e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  40.54 
 
 		 380 aa  275  9e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  53.7 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  42.93 
 
 		 382 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  43.44 
 
 		 381 aa  272  9e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  44.67 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  38.59 
 
 		 377 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  41.21 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  39.05 
 
 		 383 aa  263  3e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  45.78 
 
 		 381 aa  262  8e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  43.84 
 
 		 504 aa  261  1e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  44.7 
 
 		 389 aa  261  1e-68  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  44.48 
 
 		 378 aa  260  2e-68  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  40.52 
 
 		 394 aa  259  7e-68  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  42.39 
 
 		 381 aa  257  2e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  39.79 
 
 		 390 aa  257  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  41.47 
 
 		 389 aa  257  3e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  41.42 
 
 		 390 aa  254  3e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  41.83 
 
 		 485 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  41.13 
 
 		 387 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 377 aa  251  1e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  39.4 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  46.06 
 
 		 500 aa  250  3e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  43.93 
 
 		 372 aa  246  4e-64  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  40.56 
 
 		 492 aa  245  8e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  42.31 
 
 		 385 aa  245  8e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.63 
 
 		 492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  44.95 
 
 		 483 aa  242  6e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39.33 
 
 		 492 aa  241  1e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  39.78 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.02 
 
 		 492 aa  238  2e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  44.25 
 
 		 508 aa  235  8e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  38.72 
 
 		 492 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  39.46 
 
 		 514 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  45.35 
 
 		 287 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.38 
 
 		 496 aa  229  5e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  38.15 
 
 		 376 aa  229  5e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  37.4 
 
 		 514 aa  229  7e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  40.37 
 
 		 375 aa  229  8e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  45.54 
 
 		 503 aa  229  8e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  37.64 
 
 		 514 aa  227  2e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  37.32 
 
 		 514 aa  227  3e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  42.11 
 
 		 507 aa  225  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  43.55 
 
 		 376 aa  224  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  40.54 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  45.23 
 
 		 511 aa  224  2e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  38.86 
 
 		 514 aa  224  2e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  42.98 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  37.89 
 
 		 500 aa  224  2e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  36.08 
 
 		 514 aa  222  9e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  42.14 
 
 		 287 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  37.8 
 
 		 383 aa  220  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  37.82 
 
 		 387 aa  220  3e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  33.89 
 
 		 502 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0109  (R)-citramalate synthase  42.11 
 
 		 460 aa  219  7.999999999999999e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  39.07 
 
 		 509 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1743  2-isopropylmalate synthase  39.14 
 
 		 510 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.461114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>