More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1258 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  100 
 
 		 390 aa  762    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  90.23 
 
 		 391 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  91.64 
 
 		 358 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  53.87 
 
 		 397 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  53.61 
 
 		 415 aa  342  8e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  51.66 
 
 		 392 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  53.76 
 
 		 389 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  50.95 
 
 		 381 aa  331  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  49.46 
 
 		 378 aa  326  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  53.49 
 
 		 394 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  47.84 
 
 		 386 aa  322  6e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  47.84 
 
 		 386 aa  322  6e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  53.13 
 
 		 384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  47.59 
 
 		 394 aa  316  3e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  50.68 
 
 		 395 aa  317  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  51.44 
 
 		 402 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  47.14 
 
 		 384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  52.6 
 
 		 379 aa  311  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  54.55 
 
 		 379 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  50.14 
 
 		 400 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  46.93 
 
 		 378 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  46.26 
 
 		 384 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  46.9 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  44.72 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  47.03 
 
 		 382 aa  293  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  46.34 
 
 		 383 aa  292  7e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  46.77 
 
 		 377 aa  291  2e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  45.11 
 
 		 377 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  44.41 
 
 		 400 aa  290  4e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  43.98 
 
 		 383 aa  290  4e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  46.2 
 
 		 382 aa  289  6e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  44.72 
 
 		 383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  45.45 
 
 		 389 aa  286  4e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  56.5 
 
 		 403 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  49.06 
 
 		 390 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  44.74 
 
 		 378 aa  283  5.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  44.69 
 
 		 389 aa  282  7.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  46.09 
 
 		 380 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  42.32 
 
 		 381 aa  277  2e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  43.44 
 
 		 372 aa  277  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  45.53 
 
 		 383 aa  276  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  45.16 
 
 		 377 aa  276  5e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  42.16 
 
 		 380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  45.24 
 
 		 398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  44.72 
 
 		 381 aa  273  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  43.13 
 
 		 377 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  42.39 
 
 		 377 aa  270  4e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  43.58 
 
 		 387 aa  269  7e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  42.12 
 
 		 377 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  40.05 
 
 		 385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  41.89 
 
 		 382 aa  266  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  42.62 
 
 		 386 aa  266  5.999999999999999e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  45.21 
 
 		 413 aa  263  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  42.39 
 
 		 390 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  44.44 
 
 		 385 aa  257  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  40.54 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  42.67 
 
 		 383 aa  257  3e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  41.85 
 
 		 375 aa  255  9e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  41.03 
 
 		 381 aa  252  8.000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  43.82 
 
 		 381 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  40.27 
 
 		 383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.9 
 
 		 500 aa  243  5e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  49.63 
 
 		 287 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  38.17 
 
 		 390 aa  240  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  41.29 
 
 		 485 aa  237  3e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  42.23 
 
 		 385 aa  236  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  40.79 
 
 		 406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  45.59 
 
 		 287 aa  227  3e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  38.29 
 
 		 504 aa  227  3e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  41.22 
 
 		 511 aa  226  4e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  41.96 
 
 		 503 aa  225  8e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  41.19 
 
 		 508 aa  225  8e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  42.05 
 
 		 509 aa  225  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  40.17 
 
 		 389 aa  224  1e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  41.08 
 
 		 483 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  37.29 
 
 		 377 aa  221  1.9999999999999999e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  39.09 
 
 		 376 aa  220  3.9999999999999997e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0409  pyruvate carboxyltransferase  50.63 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000285195  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  40.73 
 
 		 378 aa  219  7.999999999999999e-56  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.76 
 
 		 492 aa  219  8.999999999999998e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  38.02 
 
 		 388 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  36.66 
 
 		 388 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  42.06 
 
 		 504 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  33.61 
 
 		 502 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  35.68 
 
 		 389 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  39.45 
 
 		 492 aa  209  5e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  38.36 
 
 		 509 aa  209  7e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  37.34 
 
 		 511 aa  209  9e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  39.28 
 
 		 515 aa  208  1e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  40.11 
 
 		 372 aa  208  1e-52  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  35 
 
 		 405 aa  208  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39.76 
 
 		 492 aa  208  1e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  38.22 
 
 		 393 aa  208  1e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  37.36 
 
 		 490 aa  207  2e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.76 
 
 		 492 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  38.87 
 
 		 514 aa  207  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  40.33 
 
 		 496 aa  206  6e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  36.76 
 
 		 393 aa  205  1e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  39.24 
 
 		 516 aa  204  1e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  37.22 
 
 		 500 aa  205  1e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>