More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2146 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  100 
 
 		 382 aa  774    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  93.46 
 
 		 382 aa  729    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  72.83 
 
 		 383 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  72.39 
 
 		 383 aa  545  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  69.9 
 
 		 383 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  66.13 
 
 		 389 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  66.49 
 
 		 380 aa  502  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  63.93 
 
 		 400 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  54.5 
 
 		 382 aa  424  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  53.95 
 
 		 383 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  55.16 
 
 		 387 aa  413  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  53.95 
 
 		 386 aa  411  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  55.52 
 
 		 382 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  54.74 
 
 		 378 aa  401  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  56.08 
 
 		 377 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  54.67 
 
 		 377 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  51.5 
 
 		 385 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  54.92 
 
 		 377 aa  398  9.999999999999999e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  51.36 
 
 		 380 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  52.86 
 
 		 381 aa  400  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  50.41 
 
 		 377 aa  393  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  54.4 
 
 		 372 aa  389  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  54.45 
 
 		 377 aa  389  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  51.09 
 
 		 381 aa  390  1e-107  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  54.72 
 
 		 377 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  52.04 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  50.68 
 
 		 390 aa  380  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  52.54 
 
 		 386 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  52.54 
 
 		 386 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  50.54 
 
 		 384 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  52.54 
 
 		 384 aa  364  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  48.91 
 
 		 392 aa  349  5e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  49.59 
 
 		 378 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  50.14 
 
 		 394 aa  342  7e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  52.87 
 
 		 381 aa  342  8e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  50.14 
 
 		 378 aa  338  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  50.57 
 
 		 384 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  48.13 
 
 		 378 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  49.31 
 
 		 395 aa  331  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  48.06 
 
 		 397 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  46.3 
 
 		 400 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  47.55 
 
 		 398 aa  317  2e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  48.31 
 
 		 389 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  46.78 
 
 		 413 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  47.9 
 
 		 394 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  46.78 
 
 		 390 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  47.5 
 
 		 402 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  44.54 
 
 		 389 aa  302  6.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  44.72 
 
 		 377 aa  301  2e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  47.61 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  45.21 
 
 		 381 aa  298  9e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  43.51 
 
 		 415 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  41.76 
 
 		 386 aa  295  8e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  44.54 
 
 		 375 aa  293  3e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  41.43 
 
 		 386 aa  291  1e-77  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  52.96 
 
 		 287 aa  289  6e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  40.57 
 
 		 386 aa  288  1e-76  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  40.86 
 
 		 386 aa  287  2e-76  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  41.98 
 
 		 390 aa  281  1e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  47.84 
 
 		 391 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  40.74 
 
 		 504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  42.98 
 
 		 500 aa  272  7e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  40.16 
 
 		 492 aa  271  9e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1918  homocitrate synthase  43.36 
 
 		 385 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  47.44 
 
 		 390 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.89 
 
 		 492 aa  270  4e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.14 
 
 		 492 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  40.35 
 
 		 492 aa  269  7e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  40.71 
 
 		 383 aa  268  8.999999999999999e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  39.11 
 
 		 393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  42.25 
 
 		 508 aa  266  4e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  43.48 
 
 		 503 aa  266  4e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  39.89 
 
 		 514 aa  266  5e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  37.54 
 
 		 387 aa  265  8e-70  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  41.52 
 
 		 485 aa  264  2e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  47.54 
 
 		 403 aa  264  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  40.87 
 
 		 385 aa  263  4e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  45.81 
 
 		 379 aa  262  6e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  43.17 
 
 		 381 aa  262  8e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  38.33 
 
 		 514 aa  260  3e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  38.33 
 
 		 514 aa  260  3e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  38.55 
 
 		 514 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  39.15 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  51.32 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  40.05 
 
 		 516 aa  257  2e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  39.15 
 
 		 388 aa  257  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  39.42 
 
 		 492 aa  256  6e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  37.92 
 
 		 514 aa  256  6e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  40.34 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  36.97 
 
 		 389 aa  254  3e-66  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  39.77 
 
 		 405 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  43.68 
 
 		 376 aa  252  6e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1815  pyruvate carboxyltransferase  41.08 
 
 		 490 aa  251  1e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.38569 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  39.36 
 
 		 394 aa  251  1e-65  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.73 
 
 		 504 aa  251  1e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2269  homocitrate synthase  45.42 
 
 		 287 aa  250  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.613685  normal  0.0966647 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  38.21 
 
 		 505 aa  250  3e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  40 
 
 		 511 aa  248  9e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  39.45 
 
 		 376 aa  248  1e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  37.25 
 
 		 406 aa  246  4e-64  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>