More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1684 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  100 
 
 		 354 aa  720    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  70.25 
 
 		 355 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  40.9 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  32.27 
 
 		 361 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 363 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.68 
 
 		 415 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.61 
 
 		 800 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 241 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 251 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  37.72 
 
 		 490 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.42 
 
 		 668 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 474 aa  103  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.42 
 
 		 671 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 350 aa  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 450 aa  102  8e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 450 aa  102  8e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  35 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 624 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  40 
 
 		 1636 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  39.76 
 
 		 1629 aa  100  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 494 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 532 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 628 aa  99.4  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 381 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 628 aa  99.4  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 621 aa  99.4  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  38.46 
 
 		 533 aa  98.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  34.03 
 
 		 1637 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 		 675 aa  98.6  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 381 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 470 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.25 
 
 		 625 aa  97.8  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  37.16 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.93 
 
 		 730 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 625 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 625 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 494 aa  97.8  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 901 aa  97.1  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 628 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 796 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 411 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 368 aa  96.7  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 365 aa  96.7  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 668 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 464 aa  96.3  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 629 aa  96.3  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 309 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  39.05 
 
 		 1726 aa  95.9  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 625 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 		 800 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 		 794 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.77 
 
 		 772 aa  95.5  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  35.58 
 
 		 642 aa  95.5  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 		 796 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 796 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 353 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.52 
 
 		 790 aa  95.1  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 381 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.8 
 
 		 411 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 668 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 630 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 184 aa  94  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 522 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 628 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 436 aa  94  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 775 aa  94.4  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0536  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 604 aa  94.4  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000248515  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  37.5 
 
 		 796 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 371 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 366 aa  93.6  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 360 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40 
 
 		 471 aa  93.6  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.35 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 298 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 298 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 499 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 625 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 264 aa  93.2  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>