More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3071 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  49.35 
 
 		 716 aa  643    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  48.84 
 
 		 700 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  49.29 
 
 		 715 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  48.2 
 
 		 699 aa  643    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3071  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 704 aa  1445    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.678716  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  49.5 
 
 		 710 aa  633  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.98 
 
 		 721 aa  630  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  48.21 
 
 		 714 aa  624  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  48.94 
 
 		 714 aa  621  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  48.58 
 
 		 714 aa  622  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  47.29 
 
 		 698 aa  616  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  47.11 
 
 		 708 aa  617  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.57 
 
 		 718 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.75 
 
 		 719 aa  615  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.59 
 
 		 717 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 719 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  47.28 
 
 		 720 aa  609  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.3 
 
 		 719 aa  610  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 717 aa  607  9.999999999999999e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.92 
 
 		 718 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  45.15 
 
 		 704 aa  595  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 704 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  46.21 
 
 		 716 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  45.24 
 
 		 704 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  46.91 
 
 		 701 aa  585  1.0000000000000001e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  44.54 
 
 		 703 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  44.63 
 
 		 708 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  43.47 
 
 		 741 aa  561  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  44.57 
 
 		 765 aa  559  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  47.59 
 
 		 682 aa  557  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  43.87 
 
 		 690 aa  554  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  43.66 
 
 		 706 aa  552  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  42.47 
 
 		 752 aa  551  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  46.23 
 
 		 662 aa  540  9.999999999999999e-153  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  42.7 
 
 		 721 aa  541  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  43.79 
 
 		 707 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  42.82 
 
 		 675 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  43.04 
 
 		 711 aa  534  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.43 
 
 		 669 aa  535  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 693 aa  534  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.77 
 
 		 697 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 693 aa  529  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 670 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.94 
 
 		 685 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.8 
 
 		 670 aa  529  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  43.36 
 
 		 671 aa  530  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 673 aa  530  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 670 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  43.13 
 
 		 673 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.28 
 
 		 689 aa  525  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.86 
 
 		 681 aa  525  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  42.18 
 
 		 670 aa  524  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  44.02 
 
 		 672 aa  522  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  43.17 
 
 		 668 aa  522  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.02 
 
 		 682 aa  524  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.21 
 
 		 690 aa  524  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.06 
 
 		 690 aa  524  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 685 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 685 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  41.38 
 
 		 673 aa  520  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  42.41 
 
 		 671 aa  519  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 685 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  41.08 
 
 		 676 aa  520  1e-146  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  41.85 
 
 		 721 aa  521  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.94 
 
 		 673 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 683 aa  519  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  43.02 
 
 		 694 aa  519  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  41.91 
 
 		 691 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  42.22 
 
 		 690 aa  515  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  41.14 
 
 		 689 aa  515  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  43.33 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  41.95 
 
 		 673 aa  518  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  43.1 
 
 		 686 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  42 
 
 		 681 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  37.72 
 
 		 810 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  42.49 
 
 		 663 aa  515  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  40.26 
 
 		 677 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  43.04 
 
 		 691 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  43.19 
 
 		 691 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  42 
 
 		 671 aa  515  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  40.55 
 
 		 677 aa  514  1e-144  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 691 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  42.65 
 
 		 668 aa  515  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  42.94 
 
 		 683 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.99 
 
 		 669 aa  514  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  42 
 
 		 671 aa  515  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  40.96 
 
 		 678 aa  512  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  42.4 
 
 		 691 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  41.77 
 
 		 688 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 746 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  42.06 
 
 		 671 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  42.63 
 
 		 683 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.83 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  42.4 
 
 		 691 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.06 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  42.45 
 
 		 668 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.89 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  42.4 
 
 		 691 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  42.4 
 
 		 691 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>