More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3871 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 268 aa  527  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  61.51 
 
 		 274 aa  301  5.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 279 aa  300  2e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  60.31 
 
 		 296 aa  295  5e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  59.7 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  58.55 
 
 		 286 aa  285  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.39 
 
 		 294 aa  282  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  58.39 
 
 		 306 aa  282  4.0000000000000003e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  59.56 
 
 		 284 aa  278  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  59.85 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  56.18 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  55.9 
 
 		 293 aa  272  5.000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  55.51 
 
 		 297 aa  271  6e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  58.87 
 
 		 275 aa  270  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  58.11 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  53.74 
 
 		 287 aa  264  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  56.02 
 
 		 273 aa  262  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  55.99 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  55.23 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 297 aa  257  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  56.83 
 
 		 282 aa  257  1e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  54.12 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  53.11 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  54.12 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 280 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  54.12 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  52.48 
 
 		 310 aa  246  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 291 aa  245  6e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  53.93 
 
 		 298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  55.2 
 
 		 305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.39 
 
 		 276 aa  232  6e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  53.21 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  52.31 
 
 		 297 aa  230  1e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  49.64 
 
 		 276 aa  229  4e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  44.48 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  43.04 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  57.08 
 
 		 252 aa  212  5.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  57.81 
 
 		 360 aa  202  6e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 274 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 252 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 274 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 262 aa  158  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 267 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 285 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 261 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 264 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 332 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  42.02 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 271 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 271 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.74 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 267 aa  149  5e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  38.4 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  38.4 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 250 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 261 aa  148  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  39.38 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  39.54 
 
 		 278 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>