More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1465 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.77 
 
 		 665 aa  913    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.15 
 
 		 666 aa  991    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.23 
 
 		 681 aa  1075    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.17 
 
 		 685 aa  1055    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.06 
 
 		 668 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.17 
 
 		 672 aa  1072    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.17 
 
 		 666 aa  924    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.72 
 
 		 666 aa  906    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.72 
 
 		 718 aa  906    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.49 
 
 		 649 aa  859    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.56 
 
 		 717 aa  694    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.56 
 
 		 684 aa  1049    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.06 
 
 		 668 aa  805    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.31 
 
 		 674 aa  805    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.72 
 
 		 667 aa  903    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.36 
 
 		 667 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.14 
 
 		 696 aa  837    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.21 
 
 		 702 aa  917    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.18 
 
 		 650 aa  801    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.54 
 
 		 714 aa  902    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.95 
 
 		 667 aa  773    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.97 
 
 		 668 aa  797    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.42 
 
 		 702 aa  907    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.02 
 
 		 672 aa  1071    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.94 
 
 		 685 aa  944    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.9 
 
 		 711 aa  908    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.33 
 
 		 717 aa  924    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.14 
 
 		 664 aa  828    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.88 
 
 		 685 aa  1052    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.29 
 
 		 664 aa  792    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.08 
 
 		 664 aa  805    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.23 
 
 		 669 aa  797    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.63 
 
 		 683 aa  921    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 668 aa  1344    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.5 
 
 		 671 aa  1050    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.18 
 
 		 698 aa  919    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.19 
 
 		 659 aa  909    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.61 
 
 		 710 aa  817    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.89 
 
 		 656 aa  912    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.32 
 
 		 666 aa  917    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.27 
 
 		 638 aa  766    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  48.14 
 
 		 622 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.14 
 
 		 622 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.66 
 
 		 599 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.27 
 
 		 707 aa  527  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  47.03 
 
 		 784 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 610 aa  517  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.52 
 
 		 647 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.69 
 
 		 608 aa  513  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 612 aa  510  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.45 
 
 		 612 aa  511  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.36 
 
 		 611 aa  512  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.21 
 
 		 612 aa  508  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.68 
 
 		 808 aa  508  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.21 
 
 		 612 aa  508  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.3 
 
 		 621 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.41 
 
 		 801 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.46 
 
 		 621 aa  505  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.46 
 
 		 621 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.41 
 
 		 623 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.09 
 
 		 619 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.89 
 
 		 855 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.34 
 
 		 595 aa  505  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 		 635 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.68 
 
 		 736 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.26 
 
 		 623 aa  500  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.76 
 
 		 754 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.71 
 
 		 781 aa  501  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.6 
 
 		 616 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.94 
 
 		 697 aa  498  1e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 613 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.83 
 
 		 612 aa  498  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.37 
 
 		 746 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 		 599 aa  491  1e-137  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.77 
 
 		 642 aa  487  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  43.6 
 
 		 783 aa  488  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.05 
 
 		 754 aa  482  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.48 
 
 		 594 aa  474  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.81 
 
 		 590 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  47 
 
 		 698 aa  469  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  46.69 
 
 		 698 aa  470  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.27 
 
 		 590 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.63 
 
 		 587 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  42.24 
 
 		 589 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.97 
 
 		 588 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  63.56 
 
 		 683 aa  466  9.999999999999999e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.76 
 
 		 620 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.67 
 
 		 598 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.93 
 
 		 616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.44 
 
 		 589 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.81 
 
 		 611 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.09 
 
 		 612 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.93 
 
 		 616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.67 
 
 		 616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.89 
 
 		 602 aa  448  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  41.64 
 
 		 647 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  61.71 
 
 		 612 aa  447  1.0000000000000001e-124  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.88 
 
 		 615 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.59 
 
 		 613 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.71 
 
 		 613 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>