More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2950 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  100 
 
 		 485 aa  915    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3507  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 487 aa  286  7e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3541  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 501 aa  220  5e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 490 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 491 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  46.56 
 
 		 351 aa  130  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4063  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 594 aa  128  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.25 
 
 		 762 aa  126  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 513 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 464 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 305 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 548 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.86 
 
 		 485 aa  108  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 485 aa  107  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 381 aa  107  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0932  diguanylate cyclase  49.28 
 
 		 353 aa  106  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.75045  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  32.72 
 
 		 477 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 370 aa  106  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.69 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 584 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 632 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.55 
 
 		 594 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 439 aa  105  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.33 
 
 		 342 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.9 
 
 		 811 aa  104  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.27 
 
 		 416 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 382 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.43 
 
 		 550 aa  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 342 aa  103  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 866 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 569 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 357 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.21 
 
 		 599 aa  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0336  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 519 aa  102  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0386848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 278 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 		 796 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 714 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 486 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 474 aa  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 362 aa  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 486 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 		 800 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 387 aa  101  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 486 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 416 aa  101  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.95 
 
 		 346 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 486 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  40 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  40 
 
 		 506 aa  100  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 416 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.82 
 
 		 455 aa  100  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 373 aa  100  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.72 
 
 		 448 aa  100  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 634 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  32.97 
 
 		 435 aa  100  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 510 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 259 aa  100  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.23 
 
 		 646 aa  100  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 510 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 414 aa  99.8  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 357 aa  99.8  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 461 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 422 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 458 aa  99  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 508 aa  99  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 		 796 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 505 aa  99  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 332 aa  98.2  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 401 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  37.79 
 
 		 1477 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 384 aa  98.2  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 671 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 314 aa  98.2  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 384 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 510 aa  97.8  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 668 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 491 aa  97.8  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 386 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 381 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 372 aa  97.1  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 452 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 381 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 796 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 382 aa  97.1  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0236  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.52 
 
 		 580 aa  96.7  8e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 459 aa  96.7  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 384 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  35.63 
 
 		 393 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 521 aa  96.3  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>