More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3541 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3541  diguanylate cyclase  100 
 
 		 501 aa  965    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3507  diguanylate cyclase  46.73 
 
 		 487 aa  353  4e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 490 aa  225  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 491 aa  217  5e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 485 aa  197  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 513 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4063  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 594 aa  178  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.72 
 
 		 752 aa  167  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 		 762 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0652  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 566 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.660583 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 		 811 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 753 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 464 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.7 
 
 		 342 aa  121  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 		 814 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.95 
 
 		 775 aa  113  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.544413  decreased coverage  0.00946201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 584 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.07 
 
 		 775 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 594 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 		 775 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 		 775 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 629 aa  110  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.68 
 
 		 801 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 776 aa  109  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 355 aa  108  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 427 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.86 
 
 		 785 aa  108  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 539 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 342 aa  107  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 424 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 369 aa  107  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.33 
 
 		 712 aa  107  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 559 aa  107  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 382 aa  107  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.24 
 
 		 570 aa  107  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 571 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 514 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 559 aa  106  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 414 aa  106  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 378 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 631 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  42.05 
 
 		 448 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 699 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 		 738 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 775 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 470 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 438 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 553 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 361 aa  104  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  34.82 
 
 		 649 aa  104  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  27.02 
 
 		 626 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 510 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.56 
 
 		 461 aa  103  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3943  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 		 761 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000940136 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 419 aa  103  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.36 
 
 		 425 aa  103  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  31.28 
 
 		 340 aa  103  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 580 aa  103  8e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 490 aa  103  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 448 aa  103  9e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 507 aa  103  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 632 aa  103  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  38.67 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  32.98 
 
 		 946 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.61 
 
 		 960 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.56 
 
 		 671 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 405 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 507 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 628 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 477 aa  102  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 422 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 563 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  30.71 
 
 		 626 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36 
 
 		 373 aa  101  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.05 
 
 		 505 aa  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 487 aa  101  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 298 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 498 aa  101  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 563 aa  101  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 569 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 474 aa  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 843 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>