More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4063 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4063  diguanylate cyclase  100 
 
 		 594 aa  1155    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0652  diguanylate cyclase  47.89 
 
 		 566 aa  350  3e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.660583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 		 752 aa  182  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3507  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 487 aa  176  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 491 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 		 762 aa  166  9e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3541  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 501 aa  164  3e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 490 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.71 
 
 		 1079 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  38.5 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 172 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 278 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2263  hypothetical protein  36.47 
 
 		 260 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0552283  normal  0.0379281 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.72 
 
 		 785 aa  118  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  117  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  35 
 
 		 370 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 460 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 565 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 300 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 298 aa  115  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 		 1644 aa  115  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 		 312 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 494 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.89 
 
 		 710 aa  114  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 291 aa  114  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 764 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 1099 aa  113  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 764 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 648 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 		 757 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 764 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  30 
 
 		 1826 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  33.95 
 
 		 609 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  33.95 
 
 		 709 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.76 
 
 		 407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 396 aa  111  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 538 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 557 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.73 
 
 		 451 aa  111  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 494 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  36.07 
 
 		 649 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.86 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 550 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  38.05 
 
 		 536 aa  110  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 640 aa  110  7.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 349 aa  110  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.87 
 
 		 721 aa  110  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 		 312 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 347 aa  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 554 aa  109  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 424 aa  110  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 753 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 263 aa  109  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  33 
 
 		 564 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.83 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  28.31 
 
 		 768 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.41 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  28.31 
 
 		 768 aa  108  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.29 
 
 		 663 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 732 aa  108  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.55 
 
 		 550 aa  108  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  30.6 
 
 		 273 aa  108  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 356 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.77 
 
 		 704 aa  108  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  32.04 
 
 		 563 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.93 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 		 324 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  33.49 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 323 aa  107  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 369 aa  107  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 374 aa  107  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 318 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  30.17 
 
 		 565 aa  107  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.29 
 
 		 352 aa  107  7e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 322 aa  107  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 322 aa  107  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 507 aa  107  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  34.29 
 
 		 457 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.83 
 
 		 346 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.53 
 
 		 686 aa  106  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 		 313 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 462 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  34.93 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.77 
 
 		 713 aa  106  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 		 313 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.47 
 
 		 326 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 578 aa  106  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 578 aa  106  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 		 313 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 		 315 aa  106  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  31.28 
 
 		 722 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 638 aa  106  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  34.74 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  30.8 
 
 		 577 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 351 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>