More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3507 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3507  diguanylate cyclase  100 
 
 
487 aa  941    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.15904  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3541  diguanylate cyclase  47.12 
 
 
501 aa  327  4.0000000000000003e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  42.04 
 
 
485 aa  239  5.999999999999999e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  37.47 
 
 
490 aa  210  5e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  33.68 
 
 
491 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4063  diguanylate cyclase  32.11 
 
 
594 aa  174  3.9999999999999995e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
513 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.59 
 
 
752 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.7 
 
 
762 aa  151  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  45.55 
 
 
351 aa  142  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0652  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
566 aa  131  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.660583 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 
811 aa  120  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  46.84 
 
 
584 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  51.39 
 
 
776 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  40.44 
 
 
464 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
432 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
369 aa  111  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
432 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.38 
 
 
342 aa  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
775 aa  108  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.544413  decreased coverage  0.00946201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  40.91 
 
 
301 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.3 
 
 
378 aa  107  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
554 aa  107  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  38.67 
 
 
599 aa  106  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.53 
 
 
599 aa  106  8e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  41.4 
 
 
479 aa  106  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
382 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
579 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  34.63 
 
 
775 aa  104  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
579 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
362 aa  104  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
584 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
579 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  30.86 
 
 
443 aa  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  38.76 
 
 
343 aa  103  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
341 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
381 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.49 
 
 
332 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 
309 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  33.68 
 
 
539 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
481 aa  102  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0932  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
353 aa  102  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.75045  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
357 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
507 aa  101  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 
603 aa  101  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  35.52 
 
 
568 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
498 aa  101  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.47 
 
 
728 aa  101  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
753 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.87 
 
 
346 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.95 
 
 
382 aa  100  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
507 aa  100  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.99 
 
 
917 aa  100  8e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  34.94 
 
 
548 aa  99.8  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 
315 aa  99.8  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 
459 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
459 aa  99.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
785 aa  99  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  37.02 
 
 
413 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
501 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3943  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.85 
 
 
761 aa  98.6  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000940136 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.16 
 
 
370 aa  99  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  36 
 
 
631 aa  99  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
355 aa  99  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.55 
 
 
325 aa  99  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 
496 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
377 aa  98.2  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
506 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0369  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.76 
 
 
600 aa  98.2  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136895  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.21 
 
 
474 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  31.38 
 
 
733 aa  98.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.58 
 
 
738 aa  98.6  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.65 
 
 
418 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
381 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 
339 aa  97.8  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.03 
 
 
686 aa  97.8  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
516 aa  97.4  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  32.65 
 
 
581 aa  97.4  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.24 
 
 
712 aa  97.4  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  32.36 
 
 
401 aa  97.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.49 
 
 
772 aa  97.4  5e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
699 aa  97.4  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
493 aa  97.4  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
407 aa  97.4  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
521 aa  97.1  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 
671 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4819  diguanylate cyclase  39.59 
 
 
360 aa  97.1  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140541  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
578 aa  97.1  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  29.88 
 
 
487 aa  96.7  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
227 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  33.16 
 
 
368 aa  96.7  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  37.74 
 
 
551 aa  96.7  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.84 
 
 
669 aa  96.7  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.71 
 
 
298 aa  96.7  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  38.62 
 
 
416 aa  96.7  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.41 
 
 
559 aa  95.9  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  36.31 
 
 
372 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
378 aa  96.3  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.32 
 
 
314 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>