285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2916 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  436  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  31.6 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  31.91 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3340  transcriptional regulator, TetR family  35.77 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  29.36 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  29.41 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  35.4 
 
 		 238 aa  62  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  34.04 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  37.41 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  29.45 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 244 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  34.64 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  34.64 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  34.64 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 272 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  30.43 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  35.14 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  31.73 
 
 		 295 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 230 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 		 239 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  27.13 
 
 		 256 aa  53.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  38.21 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 268 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 278 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3070  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  25.1 
 
 		 283 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 267 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 253 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 224 aa  52  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  39.6 
 
 		 173 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 255 aa  51.6  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  26.89 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 224 aa  51.6  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  31.16 
 
 		 199 aa  51.6  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 271 aa  51.6  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  26.79 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 255 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  33.01 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>